载体介导的RNAi（shRNA)

siRNA设计
有效的siRNA是基因沉默成功与否的关键，并非每个siRNA都能有效地引发基因沉默。关于siRNA设计，可以参考以下设计原则：
（1）每次设计的siRNA建议设计3-5个，可以增加成功的概率；
（2）siRNA的序列长度建议在19-21nt；
（3）siRNA序列的GC含量建议占比30%-50%。

1. 设计的siRNA避免与其他基因同源，避免沉默到别的基因；

（5）多个设计的siRNA尽量分散在mRNA的全长。多个分散的位点可以避免mRNA的二级结构或蛋白结合而影响siRNA对目的mRNA的结合，分散设计可以降低风险。
（6）siRNA的反义链最好以UU结尾，这是被公认的最有效的结构。
即在设计siRNA时，先扫描mRNA上的所有AA二核苷酸，并选择AA二核苷酸往3’端方向的17-19个核苷酸。

shRNA设计
shRNA可由正义链的siRNA通过一段端的间隔序列与反义链siRNA相连，在核苷酸的末端增加5-6个T组成。简而言之，shRNA是由两个短反向重复序列，中间一茎环（loop）序列分隔，组成发夹结构，由5-6个T组成RNA pol Ⅲ终止位点。关于其设计，除了需要遵循以上siRNA设计原则外，还需要注意以下几点：
（1）由两个短反向重复序列，中间一茎环（loop）序列分隔，组成发夹结构，需加上5-6个T组成RNA pol Ⅲ终止位点；
 
（2）两端需要加上限制性酶切位点，方便与载体连接；
（3）最常见的颈环结构序列为5’-TCAAGAG-3’
（4）目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录，如果涉及的序列不是以G开头，则需要加上一个G;
（5）不能出现3个以上的T。
 

华丘生物专注于整体生物医学课题研究，如生物科研课题、医学课题、毕业课题等的技术服务。可提供包括水平分子生物学实验（如载体构建，基因调取、基因定点突变、实时定量 PCR）、细胞水平实验（如原代细胞培养，慢病毒包装，稳定细胞株构建、细胞功能检测、双荧光报告基因检测）、蛋白-蛋白以及蛋白-核酸互作实验（如CoIP免疫共沉淀，TAP串联亲和纯化，Pull down技术，RNA Pull down，RIP RNA结合蛋白免疫共沉淀，DNA Pull down，ChIP染色质免疫共沉淀）以及蛋白组学和代谢组学实验，为研究者提供一站式生物技术服务。