GeoMx DSP技术助力下咽鳞状细胞癌的肿瘤微环境研究

 
文章题目：空间转录组学揭示下咽鳞状细胞癌的肿瘤微环境及SLCO2A1与肿瘤抑制的相关性

下咽鳞状细胞癌（HSCC）是一种具有恶性特征和较差预后的头颈部肿瘤。该项研究利用DSP技术首次对HSCC进行了空间转录组学分析。研究样本包括来自四位患者的原位肿瘤组织、肿瘤周围组织及淋巴转移组织。通过分析所有ROI超过18,000个基因的表达，发现肿瘤组织中的成纤维细胞可能参与肿瘤的发生发展，淋巴转移组织的免疫浸润低于原位肿瘤。研究还揭示了与预后相关的基因表达差异，例如SLCO2A1在肿瘤和淋巴转移组织中显著下调，并与免疫浸润相关，且其过表达可抑制Fadu细胞的增殖和转移，表明SLCO2A1可能是HSCC的肿瘤抑制基因，可作为诊断和治疗的潜在靶点。
 

技术路线

2 空间转录组技术 

形态学标记：PanCK(上皮细胞)、CD45(免疫细胞)、αSMA(成纤维细胞)和SYTO 13(核染色)。Panel：GeoMx® Whole Transcriptome Atlas
 

DSP技术：下咽癌、邻近正常组织和淋巴转移组织的空间分布图

3 样本信息 

 
4 文章结论 

通过DSP技术分析4例HSCC患者的正常、肿瘤和淋巴组织中的上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞的基因表达差异，揭示了与肿瘤发生和免疫微环境相关的关键基因变化。研究发现，在肿瘤组织中，与正常组织相比，SLCO2A1在肿瘤上皮细胞和成纤维细胞中表达下调，而该基因在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中与良好预后有关。此外，MPPED2在淋巴转移组织的上皮细胞中上调，而IGHM和FCRL2在淋巴转移组织的免疫细胞中也显示上调。功能富集和免疫浸润分析进一步支持了这些基因的功能特性。研究还通过qRT-PCR、免疫组化染色及基因表达生存分析验证了SLCO2A1在HSCC中的抑癌作用，表明其能够抑制HSCC的增殖和转移，并且与HNSCC中的免疫浸润呈正相关。因此，文章得出SLCO2A1可能是HSCC的一种潜在抗癌靶点和良好的预后标志物，提供了未来诊断和治疗的新方向。

主要结论图