SITE-seq体外脱靶检测

SITE-seq体外脱靶检测

舒桐科技长期致力于基因编辑领域，其中也包括对脱靶检测手段的大力研发。近年来，我们成功开发了GUIDE-pro体内脱靶检测及SITE-pro体外脱靶检测。SITE-pro是由舒桐公司基于SITE-seq体外脱靶检测手段自主研发的高效、高敏感、高特异性、高通量的sgRNA脱靶检测及筛选的方法。

SITE-seq原理如下：提取高分子量DNA，直接进行体外切割，加带有生物素标记的接头，DNA片段化，加上另外一端接头，PCR扩增完成文库构建。最后采用PE150策略进行测序。

SITE-seq原理及实验流程
舒桐SITE-Pro优势

1. 无需高分子量DNA，普通提取的DNA即可；
2. DNA需要量少，传统的SITE-seq每个样本至少需要的DNA为10ug，改造后的SITE-Pro仅需5ug就能完成实验；
3. 不受物种限制，无论是植物还是动物都可进行检测；
4. 可同时检测多条sgRNA的在靶机脱靶，可用于大规模的sgRNA筛选；
5. 不仅能检测SpCas9 的脱靶，还能检测SaCas9，AsCpf1和LbCpf1的脱靶；
6. 脱靶位点相较于细胞内脱靶检测，其覆盖更加全面；
7. 服务周期短，从准备DNA到最终可视化结果呈现，仅需1月。

舒桐升级版SITE-Pro的应用场景

1. 高通量sgRNA筛选：
   设计多条sgRNA后，利用SITE-Pro筛选切割效果最高，或者脱靶最低的sgRNA；无需再进行传统的耗时耗力的低通量筛选验证；
2. 脱靶检测：
   无论是植物还是动物，还是无法获取大量DNA或者高分子量DNA（如石蜡切片/长期冻存的细胞），都可采取该方法进行脱靶检测。另外，相较于体内脱靶检测，覆盖的脱靶位点更为全面。这对于基因治疗极为重要；
3. 不仅适用于SpCas9，还适用于SaCas9，AsCpf1和LbCpf1等

实验示例

舒桐医疗科技有限公司利用SITE-Pro对文献常检测的位点HEK293细胞系的site 1进行了脱靶检测，找到了更多的脱靶位点。

服务内容 样品要求

1. DNA样品总量：10ug以上，浓度50ng/ul以上；
2. DNA样品纯度：OD260/280=1.8~2.0 ；
3. DNA样品完整性：DNA无降解，需提供凝胶电泳检测胶图。

舒桐生物科技是一家主攻基因编辑的公司。已开发出多种具有自主知识产权的新型CRISPR基因编辑工具、掌握了各类精准的基因编辑技术（定点敲除、点突变、大片段插入、过表达等）、建立了安全高效的纳米材料及病毒（慢病毒、腺病毒、腺相关病毒）递送系统及高通量的sgRNA筛选平台。同时，也是国内首家提供基因脱靶检测服务的公司，致力于为科研机构及基因治疗领域企业提供一体化服务。