4D-磷酸化修饰蛋白质组学

基于timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行差异磷酸化蛋白质组学分析。

服务类别：	分子与细胞	总访问：	125
最后更新：	2023-4-23	半年访问：	5
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服务商：上海中科新生命生物科技有限公司

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服务介绍
公司简介

蛋白质磷酸化修饰（Phosphorylation）是生物体内最重要的共价修饰方式之一，是目前分布最多、也是最广泛研究的修饰，其发生过程是在激酶（kinase）催化下，将ATP的磷酸根基团转移到蛋白的氨基酸（Ser、Tyr、Thr）侧链上。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。发生磷酸化修饰的氨基酸上共价连接磷酸基团，其分子质量会增加发生79.97Da。利用质谱可测定分子量是否发生79.97Da的质量偏移，从而检测磷酸化修饰肽段及位点。 4D-label free磷酸化蛋白组学是基于timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行差异磷酸化蛋白质组学分析。4D-label free修饰组，利用了离子淌度分离，能根据分子的形状、截面积属性，可有效区分修饰同分异构多肽，极大提高修饰的鉴定深度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

实验流程

应用方向

▶神经及退行性疾病；
▶ 肿瘤发病机制研究；
▶ 药理药靶研究。

数据分析

标准数据分析内容
蛋白质总鉴定数量分析	蛋白鉴定与定量结果统计、韦恩图分析、差异结果数量统计、火山图、聚类热图
蛋白质功能分析	亚细胞定位、结构域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作网络分析
质量控制分析	肽段相对分子质量分布、肽段序列长度分布

技术优势

▶ 4D技术加持，提高定量的准确性、鉴定深度，更加适合微量样本；
▶ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便；
▶ 基于质谱平台（Bruker timsTOF pro），检测速度提升近一倍；
▶ 经验丰富——超17年蛋白平台服务经验，拥有丰富的高水平项目文章；
▶ 数据保证——采用进口金标抗体，数据结果稳定可靠；
▶ 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析，实现快捷”一站式”服务。

推荐组合产品
(1) 蛋白质组+磷酸化组：全面剖析机体调控网络。
(2) 磷酸化组+代谢组：打通机体表型-机制研究通路。

参考文献

1.Synergistically Bifunctional Paramagnetic Separation Enables Efficient Isolation of Urine Extracellular Vesicles and Downstream Phosphoproteomic Analysis. 2021. ACS Appl Mater Interfaces. (IF 9.229)
4D-label free蛋白质组+4D磷酸化蛋白组学应用于前列腺癌患者标志物研究
2.The P2RY12 receptor promotes VSMC-derived foam cell formation by inhibiting autophagy in advanced atherosclerosis.2020. Autophagy. （IF 16.016) 【客户文献】
磷酸化Label free蛋白组助力研究动脉粥样硬化的潜在治疗靶标
3.Protein phosphatase 2A has an essential role in promoting thymocyte survival during selection. 2019. PNAS. (IF 11.205) 【客户文献】
磷酸化Label free蛋白组研究PP2A介导蛋白去磷酸化的关键调控作用

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