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小提琴图和云雨图的介绍
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小提琴图介绍
小提琴图是箱线图与核密度图的结合，中间部分反映箱线图的信息，两侧反映密度图的信息。与箱线图相比，小提琴图的优势在于：除了显示数据的“集中性”和“离散性”，它还展示了任意位置的密度，可以直观看出数据的整体分布情况。
绘图过程
library(ggplot2)
library(ggsignif)
# 绘图使用R内置数据PlantGrowth
# weight列为植物干重测量值
# group列包含三个水平：对照和两种处理条件
data('PlantGrowth')
data<-PlantGrowth
# 设置对比组
compared<-list(c("ctrl", "trt1"),
c("ctrl","trt2"),
c("trt1","trt2"))
# 绘图框架准备
ggplot(data,aes(x=group,y=weight,fill=group))+
# 绘制小提琴图
geom_violin(trim=F,alpha=0.5)+
# 绘制箱线图
geom_boxplot(width=0.1,outlier.colour=NA)+
# 添加均值点（按需）
stat_summary(fun=mean, geom='point')+
# 添加显著性注释
# 默认wilcox.test，可根据数据分布选择t.test
geom_signif(comparisons=compared,
y_position=c(7.2,7.7,8.2),
map_signif_level=T) +
# 更改颜色及主题
scale_fill_manual(values=c('steelblue','#DB7093','#90be6d'))+theme_classic()+theme(
axis.line=element_line(colour='black'),
axis.text=element_text(colour='black'),
axis.title.x=element_blank(),
legend.position='top',
text=element_text(family='sans'))
结果展示
云雨图
云雨图介绍
云雨图是半小提琴图（“云”）与散点图(“雨”)的结合，在小提琴图的基础上增加了原始数据点的展示，既美观又包含更多的数据信息。
绘图过程
library(ggplot2)
library(gghalves)
data('PlantGrowth')
data<-PlantGrowth
ggplot(data,aes(x=group,y=weight,fill=group))+
# 绘制半小提琴图
geom_half_violin(trim=F,side='r',colour=NA)+
# 绘制箱线图
geom_boxplot(width=0.1,outlier.colour=NA)+
# 绘制散点
geom_half_dotplot(binwidth=0.12, dotsize=0.5,
stackdir='down',color=NA,position=position_nudge(x=-0.1))+
# 旋转坐标
coord_flip()+scale_fill_manual(values=c('steelblue','#DB7093','#90be6d')) +theme_classic() +theme(
axis.line=element_line(colour='black'),
axis.text=element_text(colour='black'),
axis.title.y=element_blank(),
legend.position='top',
text=element_text(family='sans'))
结果展示
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