细菌基因组测序分析

细菌基因组测序介绍

细菌基因组测序，可分为细菌基因组de novo测序和细菌基因组重测序两类。细菌基因组de novo测序，即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼装，从而获得该细菌物种的基因组序列。细菌基因组重测序是对已有参考序列（Reference Sequence）的物种的不同个体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的差异性分析。可关注大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异信息。细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制，已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。

根据不同的研究目的和需求，细菌基因组测序可具体分为以下产品： 

细菌重测序

细菌denovo测序

结果示例

Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.

技术参数

• 产品	测序策略	交付指标	周期
  细菌重测序	HiSeq/MiSeq, 500bp文库	≥100X	40个工作日
  细菌框架图	HiSeq/MiSeq, 500bp文库	≥100X	35个工作日
  细菌精细图	HiSeq/MiSeq, 500bp+6K文库	≥150X  (小片段100X, 大片段50X）  1-7M: Scaffold＜25个  7-10M: Scaffold＜45个	45个工作日
  细菌完成图	多测序平台及多类型文库	1 Contig, 0gap	75个工作日

   

  样品要求

  样品类型	检测方法	总量	浓度	其他要求
  DNA	Qubit、AGE	小片段文库:≥ 1.5μg  大片段文库:≥20μg  PCR-free :≥10μg	小片段文库: > 50ng/μL  大片段文库: > 133 ng/μL  PCR-free : ≥30 ng/μL	OD260/280= 1.8~2.0

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