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实验动物的遗传质量对动物实验结果有重要影响。近交系小鼠是医学生物学研究中广泛应用的实验动物，其本身的质量尤其是个体基因的纯合性与不同个体遗传一致性对实验结果的可比性、可重复性和准确性起着决定性作用
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1. 技术原理与实验流程
1.1遗传位标的选择
45个SNP位点在小鼠基因组上的分布如图1所示，针对各SNP位点侧翼进行引物和探针设计。
图1 48个SNP位点在小鼠基因组上的分布
1.2技术原理--高通量PCR-LDR分型
高温连接酶检测反应技术是一种成熟的SNP分型检测方法。其原理是高温连接酶检测到模板DNA与两条探针DNA的接头处存在着碱基错配，则连接反应不能进行,如图2所示。针对这45 SNP位点，将其分成4组（图1中a,b,c,d），每组进行多重PCR-LDR分型。
图2：LDR反应原理示意图
1.3实验流程
实验流程见图3
图3：实验流程图
2实验结果及分析
2.1测序仪检测结果
PCR-LDR 产物测序仪检测结果如图4，从图中可见，分型信号清晰唯一，无杂信号的干扰。此外，对部分位点经sanger测序验证，分型准确度为100%。
图4：测序仪检测结果（第二组为例）
2.2遗传质量检测的有效率
对10个近交系小鼠的3批样本（共66个）进行检测，结果显示，不同来源的相同品系SNP状态完全一致。45个SNP位点全出的概率为100%。表明这套方案对于实验中的样本45个SNP位点完全有效。同时所测样本在这些位点处基因型均为纯合，验证了这十个常见近交系小鼠品系为纯系。
十个品系间两两进行位点差异比较（共45对），最大差异位点数为29个，最小位点差异数7个；平均差异位点个数为19，差异位点数中值为20(图5)。由此可见45个SNP位点在这十个常见近交系小鼠品系中的鉴定效率较高。
图5 任意两个品系差异等位基因数目的分布图
3 服务流程
3.1 标准服务流程
1)客户沟通，确认检测小鼠品系以及样本数，提示实验可行性。
2) 建立实验方案，并在此过程中和客户保持密切沟通。
3) 大规模实验，有严格的指控流程保证实验结果可靠
3.2 实验数据质量控制流程
1) 所有分型信号要求信号清晰唯一，排除不确定信号干扰。
2) 每板数据中都有阴性对照，质控PCR和LDR污染数据。
3) 整个实验服务流程有15%的双盲重复对照，保证数据准确可靠。
