SBC ToolBox在Small RNA-seq定量数据分析中的应用（下）

Small RNA-seq数据量那么少，又不需要重新比对定量，简简单单的做个差异分析、画个图（火山图、heatmap）、PCA、相关性计算、筛选下差异基因、预测下miRNA的靶基因，靶基因GO&KEGG注释，使用SBC ToolBox三下五除二，只要你手速快，结果就立马展现你的面前。

 

在上一期内容中，我们通过介绍「数据认知」、「模块登录」与「差异分析」，初步了解了使用SBC ToolBox对Small RNA-seq定量数据分析的流程，本期紧接上述内容，为您介绍更多模块。

 

 

四 SBC ToolBox检验样本重复性模块

i. PCA分析

a) 登录PCA分析模块，先登录SBC ToolBox导航页面，侧边栏找到并点击点图按钮，点击PCA模块。

 

 

b) 进入PCA模块，界面展示

 

 

c) 上传数据提交分析   

    1. 上传数据：上传CPM数据定量结果及样本对应分组文件用于颜色匹配。   

    2. 示例数据：具体格式参考差异分析，也可以点击下载示例数据进行修改。

 

 

d) 提交分析，结果即时反馈在主界面上，如下图所示，调整输出图片的宽和高，点击下载保存按钮即可将PCA结果保存到本地。

 

ii. 相关性分析

a) 登录相关性热图分析模块，先登录SBC ToolBox导航页面，侧边栏找到并点击热图按钮。

b) 上传表达数据直接相关性计算，主界面会展示相关性热图，结果可以保存相关图和样本间相关性系数。

这里只需要上传CPM数据即可，详细参考PCA分析的定量数据，也可以在应用操作指南界面找到示例数据。

c) 上传数据提交分析结果如下：

d) Heatmap 添加分组bar展示

    1. 登录分组热图展示：

    2. 上传数据，这里需要相关性系数矩阵和样本对应的分组文件，跟PCA和相关性分析一致，同样可以在应用操作指南页面找到示例数据。

    3. 提交分析：

 

iii. 层级聚类分析

a) SBC ToolBox 导航页面侧边栏点击线图按钮，进入层级聚类图模块。

b) 上传提交数据，这里使用的数据与PCA分析所需数据一致，也是定量数据和样本分组数据，这里直接上传PCA分析使用数据即可，提交分析层级聚类结果就展示在主界面上。

c) 调整树形结构为环形结构。

层级聚类图，线的颜色随着Cluster数量改变而改变，标签的颜色随着分组的数量而改变。

 

五 SBC ToolBox差异数据展示模块

i. 火山图

a) 完成差异计算，想要展示差异基因的分布情况，一般会使用火山图来进行展示，火山图需要主要使用Pvalue和FC进行展示。

b) 登录SBC ToolBox火山图来画一个专属的火山图，进入SBC ToolBox导航页，侧边栏点击点图按钮，点击火山图模块进入火山图主界面。

 

c) 上传数据，数据格式，打开没有筛选Pvalue和FC的差异表格，保留以下四列数据，第一列为RNA信息，第二列为Pvalue，第三列为logFC，第四列用于RNA标记，一般为GeneSymbol，这里没有，可以直接手搓数据-复制粘贴第一列。

d) 提交分析，这里可以根据自己的喜好调整上下调颜色，基因的标记，信息，P&FC阈值，自定义专属火山图。

 

ii. Heatmap

a) 差异基因的Heatmap可以使用热图模块完成展示，一共有三个，简单热图、分组添加bar热图、复杂热图。下面使用复杂热图来展示差异基因的Heatmap。

b) 登录SBC ToolBox侧边栏找到热图，点击ComPlexHeat模块。

c) 上传数据说明：数据第一列为基因信息，剩余列为基因对应样本的表达信息，数据排列如下，也可以在应用操作指南找到示例数据。

d) 隐藏行名，展示目标基因，对行和列进行分割，提交分析结果如下。

根据实际需求，可以调整色阶的变化，是否中心化处理等操作。

 

六 靶基因的GO&KEGG注释

完成miRNA的靶基因预测，如何使用SBC ToolBox对靶基因进行GO & KEGG注释？SBC ToolBox有专属的富集分析模块提供GO和KEGG注释。

 

i. GO注释

a) SBC ToolBox导航页找到 GO分析 模块，点击进入

b) 将靶基因的GeneSymbol列复制粘贴到GO注释文本框中，下单物种菜单，选择正确的物种信息，提交分析，即可完成GO注释分析，默认是使用DotPlot展示方式进行可视化GO注释结果。

c) 对默认的可视化结果不满意，可以登录GO bachart或者Dotchart进行展示

    1. GO Barchart & DotChart，SBC ToolBox可以找到

    拖拽或者上传GO注释分析.xlsx结果到BarChart模块，提交分析。

    2. GO DotChart 将GO注释结果上传至Dotchart模块，提交分析。

ii. KEGG注释

a) 操作方式请参考GO注释流程。

 

完成以上分析，一套完整的Small RNA-seq定量下游数据分析的大部分内容就基本上圆满了，回顾一下流程：

SBC ToolBox生信云所见及所得，让你的数据分析变得简单起来。