SBC ToolBox在Small RNA-seq定量数据分析中的应用（上）

Small RNA-seq数据量那么少，又不需要重新比对定量，简简单单的做个差异分析、画个图（火山图、heatmap）、PCA、相关性计算、筛选下差异基因、预测下miRNA的靶基因，靶基因GO&KEGG注释，使用SBC ToolBox三下五除二，只要你手速快，结果就立马展现你的面前。

在开启使用SBC ToolBox针对Small RNA-seq定量数据之前，先来认识一下数据，对数据有充分认知才能更好的进行数据分析。

 

一 数据认知

i. 表达定量数据

a) 手里的数据可能是这个样子，一般都是.xlsx格式，如果不是请使用Excel或者WPS进行另存为.xlsx格式数据。如下图：

b) 定量结果可以拆成四部分。   

1. 第一列：Small RNA名字，重要，计算差异基因名字；   

2. Count表达矩阵列，常常说的定量结果，也是edgeR或者DESeq2等软件的输入数据；   

3. CPM列，对Count标准化后的数据，一般用于PCA、层级聚类、相关性计算；   

4. 注释信息：对Small RNA的位置或者其他信息注释。

ii. 样本分组数据

大多数实验都有生物学重复，也就是多个样本对应一个分组的情况，这里需要的文件格式是下图格式，第一列为样品信息，一定要与定量表格中的样品信息一样，差一点都不行，第二列就是样品对应的分组信息，这里只支持.xlsx格式文件，没有这个文件可以使用Excel或者WPS手搓（从定量表格中Ctrl+C & Ctrl+V样品信息，一定不会出问题，分组信息手动填写）：

iii. 分组比较数据

这就更简单了，一共就两列，第一列为Case组，第二列为Control组，这个要根据实际情况机型调整，注意：比较信息一定要与样品分组信息中的第二列匹配。这个文件没有，新建.xlsx直接手搓，你就会体验到手搓的快乐。

 

二 登录SBC ToolBox SmallRNA模块

i. 方法一

导航入口：https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

ii. 方法二

一键直达：https://www4.shbiochip.com/V2023/svip/SmR/

iii. 登录验证

a) 登录界面

b) 进入分析界面：

 

三 SBC ToolBox差异分析

i. 进入数据上传&差异分析组件

a) 数据上传

直接将准备好的数据文件拖拽或者点击上传接口，上传到云服务器上。

b) 注意：

 

c) 提交分析&结果预览

点击提交分析按钮，主界面会有一个小花花转动提示正在运行，分析完成后，小花花消失，主界面显示分组比较信息。整个过程不超过半分钟。

d) 完成分析后，直接点击 下载保存.xlsx 按钮，结果将会以.xlsx格式的workbook，不同的分组比较将会保存在不同的sheet中。

 

ii. 差异结果阈值筛选组件

默认情况下保存的差异结果为不筛选的，可以使用差异结果阈值筛选组件根据pvalue和差异倍数（FC）进行阈值筛选。

这里只需要设置简单的设置pvalue 以及 差异倍数阈值，App会自动筛选出目标阈值的差异结果，提交分析，下载保存结果即可完成分析，无需等待分分钟完成分析任务。

直接点击DEGs.FC.Pvalue.xlsx 按钮就可以下载保存筛选结果。结果仍旧为workbook，不同的sheet对应不同的分组比较阈值筛选结果。

 

iii. 靶基因预测组件

a) 差异靶基因预测   

1. 对接差异分析结果

这一部分向上承接筛选阈值后的差异miRNA的预测。结果仍旧为workbook，直接点击下载保存结果即可保存结果到本地。

 

b) 自定义靶基因预测

1. 自定义输入miRNA筛选靶基因

    主要针对目标miRNA进行靶基因预测，这里只需要将一列目标miRNA复制粘贴至目标区域，提交分析即可完成miRNA靶基因查询，主界面会预览结果，点击 TargetGene下载保存.xlsx 按钮即可保存结果。

完成以上操作步骤，即可完成miRNA的差异分析，如果你的数据是其他类型的SmallRNA，也可以完成差异分析和筛选，无法进行靶基因预测。

以上就是本期Small RNA-seq定量数据分析上半部分的介绍，下期将紧接本期内容，为您带来「检验样本重复性模块」、「差异数据展示模块」和「靶基因的GO&KEGG注释」等下半部分的详细介绍，敬请期待。

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