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转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本及基因序列，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。
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转录组测序实验流程：样品检测--样品制备--cluster制备--上机--基本数据处理--生物信息分析
转录组测序文库制备流程图
转录组测序生物信息学分析内容
1) 原始数据产出统计；
2) 与参考基因、基因组比对（需提供参考基因组或基因序列信息）；
3) 序列组装；
4) 基因覆盖度、测序深度统计（需提供参考基因组或基因序列）；
5) Unigene长度分布统计；
6) Unigene功能注释分析；
7) Unigene的GO（Gene Ontology）分类；
8) Unigene表达差异统计(两个或两个以上样品)；
9) 在不同样本间的差异Unigene做GO（Gene Ontology）分类；
10) 蛋白功能及分类预测；
11) Unigene代谢通路分析；
12) 新基因预测（需提供参考数据库信息）；
13) 可变剪切分析（需提供参考数据库序列）。
转录组测序样品要求
1. 样品质量要求：经过DNA酶处理，OD260/280为1.8-2.2，完整性良好，如使用Agilent Bioanalyzer仪器检测，则获得的总RNA应 28S:18S≥1，RIN≥8。
a) 转录组样品：浓度≥400ng/μl、总量≥20 μg;
b) 建议在条件允许情况下，提供可供两次样品制备的量，以确保实验质量及延续性
2. 样品保存：选择Trizol、DEPC水一种，请在样品信息单中注明。
3. 样品运输：样品请置于1.5 ml管中，使用封口膜封好。使用足量的干冰运输，并选用较快的运输方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。
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