单细胞测序运用实践—细胞悬液制备经验分享
单细胞检测技术的发展将生命科学研究推向了一个全新的维度。基于单细胞技术，我们对生命体的理解，对疾病组织的了解上升到了最基本的单元—细胞。通过对组织中的各类细胞的基因特征检测与分析，增进了我们对细胞的本身特性及细胞与细胞之间互作关系的理解。正是基于单细胞检测技术在各类疾病中的研究运用，使得我们对疾病的发生发展和抗药等的了解更加深入，更加明确，也更能找到最核心、影响最大的某类细胞和基因。可以说，正是单细胞检测技术的发展和运用，极大地加速了科学研究往临床的转化和运用。
单细胞技术用于肿瘤研究。
引自：Cancer Cell. 2020 Apr 13;37(4):456-470.
虽然我们进行单细胞测序的研究目的不尽相同，但绝大多数研究是以组织样本作为研究材料。目前单细胞测序实验首先要将组织解离为单细胞悬液，再上机进行油包水、建库、测序、数据分析。而我们知道生命体是相当复杂的，以人体为例，人体是由四大组织系统组成的，包括上皮组织、结缔组织、肌肉组织、神经组织。不同组织的细胞构成、细胞特性、细胞间质组成可能有很大的差异。比如，上皮组织由密集的上皮细胞和少量细胞间质构成。结构特点是细胞结合紧密，细胞间质少；结缔组织由细胞和大量细胞间质构成，细胞间质包括基质、细丝状的纤维和不断循环更新的组织液，细胞散居于细胞间质内；肌细胞间有少量结缔组织，并有毛细血管和神经纤维等；神经组织是神经系统的主要组成成分，由神经细胞和神经胶质组成，神经细胞会有很长的突起。
人体组织分类图
这些组织差异使得单细胞悬液制备没有统一的protocol，而单细胞测序对单细胞悬液质量要求也比较高。因此需要根据组织类型，甚至是相同组织的不同疾病状态等摸索特定的实验条件，比如组织剪碎方式、酶种类和浓度选择、酶解时间选择、酶解条件选择等等。
上海生物芯片深耕科研服务20年，也紧随单细胞检测技术的推广为广大科研工作者提供优质的单细胞检测服务。经过多年的摸索与实践，我们已对包括人、大鼠、小鼠等在内的各类组织成功进行单细胞制备实验，为单细胞后续实验的成功开展打下了坚实的基础。包括人，大、小鼠及其他模式生物。
--部分单细胞悬液制备结果--
人-胆管癌
人-胃癌
人-肝癌
人-肠息肉
--部分人，大、小鼠制备消化经验一览--
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人 |
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成功率非常高 |
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人-癌症脑转移 |
人-结肠息肉 |
人-牙乳头 |
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人-贲门癌 |
人-口腔鳞癌 |
人-牙周/牙周膜 |
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人-鼻腔肿瘤 |
人-卵泡液 |
人-胰岛 |
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人-鼻上皮 |
人-脑部淋巴瘤/癌旁 |
人-粘液腺瘤 |
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人-鼻息肉 |
人-尿路上皮癌/癌旁 |
人-直肠癌 |
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人-鼻咽癌 |
人-膀胱 |
人-肿瘤异种移植物（PDX） |
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人-扁桃体 |
人-培养原代细胞 |
人-子宫内膜间质肉瘤 |
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人-肠道 |
人-前列腺癌/癌旁 |
人-PBMC |
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人-肠息肉 |
人-乳腺癌转移/腋窝淋巴 |
人-乳腺癌穿刺 |
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人-肠粘膜 |
人-软骨肉瘤 |
人-骨髓 |
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人-肺癌穿刺/气管镜 |
人-软组织肉瘤 |
人-卵巢 |
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人-肝外胆管癌 |
人-肾癌穿刺 |
人-食管癌 |
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人-肝脏肿瘤 |
人-肾上腺 |
人-脑组织 |
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人-甲状腺癌 |
人-肾脏 |
人-肠癌 |
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人-结肠癌 |
人-胃癌穿刺 |
人-肌肉 |
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人-结肠癌腹腔转移 |
人-胃癌骨转移 |
人-子宫内膜 |
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成功率较高 |
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人-脑髓母细胞瘤 |
人-黑色素瘤 |
人-淋巴癌/癌旁 |
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人-舌 |
人-脑胶质瘤 |
人-膀胱癌 |
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人-子宫肌瘤 |
人-肾癌 |
人-组织 |
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人-腹水 |
人-心脏 |
人-脑血管 |
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人-肠癌腹膜转移/癌旁 |
人-听神经瘤 |
人-半月板 |
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人-肝癌穿刺样本 |
人-心脏 |
人-胆管囊肿 |
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人-分选白细胞 |
人-淋巴结 |
人-息肉 |
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人-肝母细胞瘤 |
人-肝癌 |
人-椎间盘 |
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成功率高 |
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人-甲状腺 |
人-肺动脉 |
人-胃炎 |
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人-乳腺癌 |
人-关节膜 |
人-眼部 |
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人-胆管癌 |
人-软骨 |
人-子宫骶韧带肿瘤 |
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人-滑膜 |
人-脂肪 |
人-子宫蜕膜 |
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人-膝关节滑膜 |
人-食管 |
人-肝内胆管癌 |
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人-胎盘 |
人-牙龈 |
人-唾液腺 |
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人-肺癌 |
人-肾 |
人-肺癌脑转移 |
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人-肺 |
人-淋巴癌 |
人-肺泡灌洗液 |
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人-结肠 |
人-甲状旁腺 |
人-动脉内膜 |
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人-胃癌 |
人-肝脏 |
人-骨膜 |
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人-脊柱关节突 |
人-肠韧带 |
人-肌腱 |
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人-脑动静脉 |
人-骨肉瘤 |
人-胸腺 |
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人-纵膈 |
人-脑动脉血管瘤 |
人-血管 |
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人-前列腺 |
人-肾脏肿瘤 |
人-皮肤 |
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人-肾脏穿刺 |
人-视网膜 |
人-类器官 |
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有一定挑战性 |
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人-主动脉 |
人-宫颈癌/癌旁 |
人-泪腺 |
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人-颊部 |
人-口腔癌 |
人-牙根尖周 |
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人-后腹膜 |
人-胃 |
人-阴道壁 |
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人-舌癌 |
人-脑脊液 |
人-胰腺 |
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人-动脉 |
人-疤痕 |
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人-胰腺癌肝转移 |
人-静脉/大隐静脉 |
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鼠 |
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成功率非常高 |
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大鼠-大脑皮层 |
小鼠-宫颈癌 |
小鼠-胸腺 |
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大鼠-口腔黏膜 |
小鼠-骨骼肌 |
小鼠-血管动脉瘤 |
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大鼠-皮肤 |
小鼠-颌骨 |
小鼠-胰岛 |
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大鼠-全血 |
小鼠-淋巴结 |
小鼠-原代培养巨噬细胞 |
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大鼠-神经节 |
小鼠-脉络膜 |
胎鼠-脑 |
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大鼠-肾脏 |
小鼠-脑膜 |
胎鼠-心脏 |
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大鼠-食管 |
小鼠-胚胎 |
小鼠-肺 |
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大鼠-心脏 |
小鼠-皮下瘤分选淋巴细胞 |
大鼠-肺 |
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小鼠-鼻腔 |
小鼠-脾脏 |
小鼠-肾脏 |
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小鼠-耳膜基底膜 |
小鼠-乳腺肿瘤 |
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小鼠-肺纤维化 |
小鼠-胎盘 |
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成功率较高 |
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小鼠-骨髓 |
小鼠-组织 |
大鼠-心肌 |
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小鼠-脑 |
小鼠-肝脏 |
小鼠-胫骨/盆骨 |
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大鼠-肝脏 |
大鼠-胚胎 |
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小鼠-全血 |
小鼠-卵巢 |
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成功率高 |
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小鼠-子宫 |
小鼠-主动脉瘤 |
小鼠-胃粘膜 |
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小鼠-视网膜 |
小鼠-海马 |
小鼠-耳蜗 |
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小鼠-心脏 |
大鼠-胰岛 |
小鼠-胰腺癌/癌旁 |
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小鼠-皮肤 |
小鼠-肠壁 |
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有一定挑战性 |
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小鼠-结肠 |
大鼠-牙龈 |
小鼠-造血干细胞 |
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大鼠-脊髓 |
小鼠-黑色素瘤 |
小鼠-血管 |
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小鼠-肌肉 |
小鼠-回肠 |
小鼠-肠系膜 |
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小鼠-肿瘤 |
小鼠-脑皮层 |
小鼠-膈肌 |
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大鼠-脑 |
小鼠-椎间盘 |
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大鼠-下丘脑 |
小鼠-肠道 |
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