云序生物客户发表的首篇吉西他滨耐药胰腺导管癌环状RNA文章导读
本篇文章主要研究的药物是吉西他滨，其主要应用于晚期胰腺癌病人的治疗，可是若病人对此类药物产生了耐药反应，那势必会影响患者的生活质量，甚至生命。目前，对于吉西他滨对胰腺癌耐药机制研究尚不明朗。作者首先构建了对吉西他滨耐药细胞系，并通过全转录组测序比较了耐药与正常细胞系之间环状RNA的表达谱。通过生信分析，快速找到10条感兴趣且差异表达的环状RNA，验证结果与测序结果一致。选取两条在吉西他滨耐药患者中显著高表达的环状RNA，在40例临床血浆样本中进行验证，发现两者表达模式不变。环状RNA和miRNA网络图显示两者可能结合的miRNA。沉默及过表达实验证实这些环状RNA可能影响吉西他滨耐药细胞系的功能。总的来说，本篇文章提供了一种研究吉西他滨耐药新的分子标志物。
期刊：frontiers in Pharmacology
影响因子：3.8
服务内容：全转录组测序（云序生物提供）
样本：1. 吉西他滨耐药胰腺癌细胞系和未做处理胰腺癌细胞系，样本量：3 vs 3
2. 耐药病人血浆和健康人血浆，样本量：20 vs 20
发表时间：2018年6月
文章内容：
首先，作者通过MTT法检测不同浓度吉西他滨处理细胞株细胞的活性，确定了半抑制浓度后，借助增殖曲线证实此种药物能够抑制细胞增殖。此外，作者还检测了在大多耐药细胞株中普遍高表达的标志物MDR1基因的表达量，发现其的确在耐药PANC-1细胞系中高表达。以上结果都证实，耐药细胞株构建成功。
作者通过高通量测序技术，分别检测了耐药细胞株和正常细胞株中环状RNA的差异，共检测到126个环状RNA（差异倍数≥2倍，P值≤0.05），其中68个环状RNA差异上调，58个环状RNA差异下调。对差异环状RNA的来源基因进行GO和KEGG通路预测，发现了与免疫相关的GO条目和信号通路。
作者选取差异表达前10的环状RNA进行环状RNA定量PCR（云序生物提供），验证结果为7个在耐药细胞株中高表达，3个低表达与测序结果一致，准确性高达100%，说明测序结果是真实可靠的。
作者选取了其中差异高表达的2条环状RNA（上图标*的），以一条差异不显著的环状RNA为对照组，临床样本扩大至20例临床耐药和20例不耐药进行定量PCR，发现与测序结果一致。
作者通过TargetScan软件对这两个环状可能吸附的miRNA进行预测，挑选结合力最强的miRNA进行miRNA定量PCR（云序生物提供）实验，发现miR19a-3p，miR138-5p和miR145-5p在临床样本耐药组中低表达。
6. 环状RNA抑制耐药胰腺癌细胞对药物的敏感性和促进对照组胰腺癌细胞的耐药性
为研究前面筛选到的环状，作者分别构建siRNA，在耐药细胞系中进行干扰实验，发现环状能够促进耐药细胞系对药物的敏感性，并影响凋亡的能力。过表达实验证实两个环状在对照组癌细胞中影响了细胞的耐药性。
总结：
总的来说，本篇文章首先验证了吉西他滨在胰腺癌细胞中的功能，接着构建耐药与正常胰腺癌细胞株进行全转录组测序，从测序结果中筛选到10条差异表达最明显的环状RNA。通过对临床样本的低通量验证，得到2条在耐药细胞系中高表达的环状RNA，预测其结合的miRNA。最后，分别敲降和过表达这两个环状，证实两者都参与了细胞耐药的过程。
全文链接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5996282/
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