ddPCR与qPCR在银鲳鱼的种属鉴定与定量研究方面的比较

银鲳鱼的种属鉴定与定量研究
Species identification and quantfication of silver pomfret using the droplet digital PCR assay

 
背景
 
银鲳鱼（Pampus argenteus）是一种经济价值高的物种，中国有巨大的市场需求。近年来，由于高强度的捕捞，银鲳鱼的数量有所下降，为了维持利润，一些制造商已经采取了用更便宜的鱼代替银鲳鱼，进行食品的造假、掺假。

目的

开发一种准确的方法来识别银鲳鱼食品，减少食品造假、掺假的非法行为。

实验材料

银鲳鱼和金鲳鱼， 两种鱼按照比例分别为0.1%、0.5%、1%、10% 和50% 进行混合， 即混合物中含有0.1g银鲳鱼/99.9g金鲳鱼、0.5g银鲳鱼/99.5g金鲳鱼、1g银鲳鱼/99g金鲳鱼、10g银鲳鱼/90g金鲳鱼，还有50克银鲳鱼/50克金鲳鱼。

实验设计

①筛选ddPCR引物和探针；
②特异性测试；
③引物和探针之间浓度比筛选；
④熔融温度筛选；
⑤PCR循环数筛选；
⑥qPCR对比测试。

 
CY-1 细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI） CY-2 细胞色素B（cytb）
CY-3 16srrna
对三组引探进行测试，CY-2、CY-3无扩增产物，故本实验采用CY-1组引探。
 
2，特异性测试

 
银鲳鱼液滴数字PCR检测的特异性检验。{ 样品说明如下： PC， 阳性对照（ 银鲳鱼）；NC， 阴性对照（ 无菌蒸馏水）；1，卵状细鳞鲷；2，无节圆鳃鲷；3，点状圆鳃鲷；4，圆头鲷；5，中国对虾；6，灰鲷。
 
3，引物和探针之间浓度比筛选

不同的引物与探针浓度进行实验对比，最终选取了300：200、300：300、400：200三种浓度比进行下一步测试。
 
 
4，熔融温度筛选

对实验③的三种不同浓度的探针进行TM筛选，最终选定56℃、57℃、58.2℃三个温度来进行下一步测试。
 
 
5，PCR循环数筛选

对实验④的三个温度进行循环数筛选。
 

 

关于我们
广州永诺生物科技有限公司成立于2010年，总部位于广州国际生物岛，是一家专注于医学科学技术开发与服务、分子诊断产品研发与生产的高新技术企业。公司目前占地面积近6000㎡，其中硕、博士以上学历员工占比近40%。公司依托先进的技术力量以及优秀的人才储备，在科研服务、医学检测和数字PCR产品三大业务上保持领先的竞争优势。
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永诺医疗是永诺生物的全资子公司，以“中国智造”为己任，专注于数字PCR仪器与应用试剂的研发，并于2017年成功研发了国内首款拥有完全自主知识产权的MicroDrop®系列微滴式数字PCR系统并投入生产。