样本收集手册，微生物、微生物培养基的收集方法及注意事项
1.微生物收集方法
- 细胞数量：
需要细菌的数量为 1*107 cells（此为一次实验的用量，最好收集两次实验的用量，分两个离心管存放）。
- 取样时间：
细菌生长指数中期（mid-log）
- 适用菌属：
大肠杆菌（E.coli）[1,2]
- 取样步骤：
1. 对细菌进行计数，计算1*107个菌体所需要的培养液的体积，记录为1体积；
2. 快速收集1体积细菌培养液，并迅速在4℃条件下离心（1000 g， 10min）使细菌与培养液分离；
3. 除去上清培养液， 将细菌快速浸入液氮中进行淬灭，30s；
4. 淬灭后在冰上解冻，用1体积PBS 缓冲液（需预冷）洗去残留的培养液，然后离心（1000 g，4℃, 10min）尽可能将全部的 PBS 缓冲液去除；
5. 保存在-80℃冰箱中。
- 适用菌属：
酵母菌及非丝状真菌 [3]
- 取样步骤：
1. 对细菌进行计数，计算1*107个菌体所需要的培养液的体积，记录为1体积；
2. -20℃下预冷淬灭溶液（甘油盐溶液，pure glycerol and sodium chloride solution (13.5 g/L) to a final ratio of 3:2 (v/v)），准备4体积；
3. 迅速转移1体积细菌培养液至上述4体积淬灭溶液中；
4. 快速摇匀溶液后，放入冰水浴中约5min；
5. 使用冷冻离心机，-20℃条件下离心（36086 g，20min）；
6. 尽可能将全部上清移除，保存于-80℃冰箱中。
- 注意事项：
1. 寄送样本时请放入足量的干冰以保持低温条件（根据过往项目经验：快递途中干冰消耗率约为 5KG/天，消耗速度与气温，泡沫箱厚度(>5cm)有直接关系，请酌情添加干冰）；
2. 微生物代谢速度非常快，因此所有的步骤需要尽快完成；
3. 不同样本收集的微生物数量应一致。
收集方法参考文献：
[1] Bertini I, Hu X, Luchinat C. Global metabolomics characterization of bacteria: pre-analytical treatments and profiling [J]. Metabolomics, 2014, 10(2):241-249.
[2] Hanna Meyer, Hendrikje Weidmann, Methodological approaches to help unravel the intracellular metabolome of Bacillus subtilis. Microbial Cell Factories 2013, 12:69.
[3] Kathleen F Smart, Analytical platform for metabolome analysis of microbial cells using methyl chloroformate derivatization followed by gas chromatography– mass spectrometry, nature protocols | VOL.5 NO.10 | 2010.
2.微生物培养基收集方法
- 样品量要求：
200ul/sample, 提供两份样本并分2个离心管存放（条件允许最好500ul/sample）
- 样本收集步骤：
1. 将培养液摇匀，快速从培养瓶中取出一定量的培养液，4℃条件下离心（1000 g，10min）；
2. 移取上清 500ul 至新的离心管中, 迅速放入液氮中淬灭，30s；
3. 淬灭后放入-80℃冰箱中保存。
- 注意事项：
寄送样本时请放入足量的干冰以保持低温条件（根据过往项目经验：快递途中干冰消耗率约为 5KG/天，消耗速度与气温，泡沫箱厚度(>5cm)有直接关系，请酌情添加干冰）。
收集方法参考文献：
[1] Silas G.Villas-Boas, Extracellular metabolomics: A metabolic footprinting approach to assess Wber degradation in complex media ，Analytical biotechnology, 2005.
[2] Hanna Meyer, Hendrikje Weidmann, Methodological approaches to help unravel the intracellular metabolome of Bacillus subtilis. Microbial Cell Factories 2013, 12:69.
[3] Farhana R. Pinu, Analysis of Intracellular Metabolites from Microorganisms: Quenching and Extraction Protocols, Metabolites, 2017.
小伙伴们发现了吗？代谢组学样本收集还是有些小规律的。为了检测的准确性，样本量要足够；为避免引入误差和杂质，经手人要少；由于检测的是取样时样本的代谢物，所以样本一定要淬灭；最后为了避免反复冻融，强烈建议各位科研达人将样本进行分装。
最后按照惯例附上我司协助客户以微生物胞内、胞外为样本发表的部分文章，供各位老师参考查阅
