DNA甲基化测序

DNA甲基化是表观遗传学（Epigenetics）的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传记、胚胎发育以及人类肿瘤发生等方面起着重要的作用。MeDIP-seq是研究甲基化DNA一个非常有效的方法，能富集基因组上所有甲基化C进行测序分析。包括启动子区、内含子、外显子、基因间，甚至是一些重复序列，并能分析这些区域各自的甲基化程度。

DNA甲基化测序实验流程：样品检测--样品制备--cluster制备--上机--基本数据处理--生物信息分析。

DNA甲基化测序生物信息分析：
1) 原始数据产出统计；
2) MeDIP-Seq产出序列与基因组比对；
3) 基因组上检测到的Peak统计（峰数目，峰分布，峰宽度等）；
4) 特定区域Genome Browser可视化信息；
5) 每个样本的unique mappable reads 的分布情况（在重复区域、基因区、基因间区的分布覆盖）；
6) 提供与样本Peak相关的基因列表；
7) Peaks相关基因Gene Ontology功能分类；
8) 多个样本间Peaks相关基因差异统计分析；

DNA甲基化测序样品要求：
1. 要求打断后DNA长度在100-500bp 范围内，主峰在200-300bp，最佳长度在250bp 左右，请提供相应的检测胶图。
2. 样品纯度：260/280值应在1.8～2.0之间，没有蛋白、多糖和RNA污染；
3. 样品浓度：样品的浓度不低于 50ng/μl；
4. 样品完整性：DNA样品没有降解；
5. 样品需求量：文库制备起始量为5μg，多次制备样品总量=样品制备次数*5μg；但是，送样量需>10μg，以防止运输途中样品损耗与其他不可预测的损失；
6. 对于非人来源的其它物种DNA，至少需提供两对验证引物（分别用于检验甲基化及非甲基化DNA片段的富集效果）。
7. 如果条件限制只能提供一对引物或不能提供引物，我们可以用内参对MeDIP产物进行检测，但无法直接对客户的样品进行精确的QC检测，因此需要客户自行确认是否继续建库。
8. 样品保存：选择酒精、TE buffer或超纯水一种，请在样品信息单中注明。
9. 样品运输：为防止运输过程中样品粘到管壁上造成损失，请将样品置于不黏管中（如 Eppendorf LoBind Tube 或 Ambion Non-stick Tube）,使用封口膜封好。建议使用干冰运输，并选用较快的寄送方式。

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