原核转录组测序

原核生物来的 mRNA 没有 polyA 结构，因此可采用 rRNA 去除的方法，采用链特异性测序同时对原核生物的 mRNA 和 ncRNA 进行高通量测序。

样本处理：超过 70 种细菌的 RNA 抽提经验；

文库构建：高效的原核生物 rRNA 去除方法，低至 200ng 起始的建库能力；

质控管理：ISO9001 认证，Illumina CSPro 认证；

数据分析：学术界权威的算法和流程；分析内容涵盖原核生物的 mRNA 和 ncRNA；灵活的定制分析；

项目成果：协助客户发表多篇论文，影响因子 8.258。

实验设计——样本取材——RNA 抽提——rRNA 去除——文库构建——测序——数据分析

样本类型：total RNA

样本总量：≥2μg

样本浓度：≥50ng/ul

环二鸟苷酸（c-di-GMP) 是一种广泛存在于细菌中的第二信使，参与调节多种生理功能，包括细胞分化、信号传递、生物膜形成、致病因子产生以及群体感应系统的调控等。分枝杆菌是一类重要的病原微生物，具有抗酸性、生长缓慢、结构复杂，对干燥、冷、酸碱等抵抗力强的生物学特性。

HPLC 分析表明，在 H2O2 的胁迫下，M.smegmatis 胞内 c -di-GMP 的含量有明显的提高。过表达 C -di-GMP 环化酶 ydeH ，在 H2O2 的胁迫下，M.smegmatis 生长良好。表明高浓度的 c -di-GMP 提高了分枝杆菌的抗氧化能力。转录组测序（伯豪提供）结果表明，过表达 c -di-GMP，引起了一个保守的氧化还原基因簇（Ms5855-Ms5865）的表达。进一步的研究发现，Ms5860 对于分枝杆菌 H2O2 的氧化防御起着重要作用。而蛋白 HpoR 能够结合 hpoR operon 的上游调控序列，负向调控其表达。胞内累积的 c -di-GMP，能够特异结合 HpoR 蛋白，使得 hpoR operon 的表达得到恢复，进而提高了细菌对于氧化胁迫环境的抵御能力。

Li Weihui, Li Meng, Hu Lihua et al. HpoR, a novelc-di-GMP effective transcription factor, links the second messenger'sregulatory function to the mycobacterial antioxidant defense.[J] .Nucleic Acids Res., 2018, 46: 3595-3611.

井冈霉素是由吸水链霉素井冈变种（Streptomyceshygroscopicusvar.jinggangensis）产生的农用抗生素，其具有高效无毒、对环境友好、抗性低等特点，为我国防治水稻纹枯病重要的生物农药之一。目前我国井冈霉素的年产量达 5 - 7 万吨，其施用范围和市场巨大。

上海伯豪携手上海交通大学对吸水链霉菌 5008（Streptomyces hygroscopicus 5008）高产量生产井岗霉素（Validamycin）的研究做出重要贡献。研究人员对吸水链霉菌的 γ - 丁内酯（GBL）合成基因 afsA 与丁内酯受体基因 arpA 分别进行敲除和过表达改造。通过上海伯豪的 Illumina Hiseq2500mRNA 测序服务对吸水链霉菌基因变化进行分析，从而开发得到了井岗霉素高产量的吸水链霉菌（产量比改造前增加 55%），为吸水链霉菌生产井冈霉素的基因工程改造做出了重要贡献。

Tan GY, Peng Y, Lu C, et al. Engineering validamycin production by tandem deletion of γ-butyrolactone receptor genes in Streptomyces hygroscopicus 5008. Metab Eng. 2015, 28:74-81.

伯豪生物客户项目发文

上海伯豪生物技术有限公司（简称：伯豪生物，英文名：Shanghai Biotechnology Corporation）2008 年 12 月成立，是生物芯片国家工程研究中心的有机组成部分，专注于提供专业的生物医药和疾病诊断创新技术、产品和优质服务。

伯豪生物自成立以来获得了国家基因检测技术应用示范中心、国家工信部专精特新“小巨人”企业、院士专家工作站、高新技术企业、上海市研发公共服务平台（负责“上海市高通量疾病标志物服务平台”和“上海市基因芯片专业服务平台”的运营）、上海市服务外包公共平台、上海科技小巨人企业、浦东新区企业研发机构、联合实验室建设等一系列资质，拥有医疗机构执业许可证、医疗器械经营许可证。

伯豪生物于 2016 年入选国家发展和改革委员会首批基因检测技术应用示范中心，与复旦大学附属肿瘤医院、上海市胸科医院、上海市儿童医院、上海生物信息技术研究中心等单位共同承担运行“高发肿瘤及遗传性疾病基因检测示范中心”。

伯豪生物建立了规范化的质量控制体系，通过了 ISO9001:2015 质量技术体系的认证，并参照 GLP- L 的标准，通过 156 个 SOP 文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。

伯豪生物累计技术服务 10 余年，承接项目数超 10000 个，用户单位 3000 家以上，累计处理样品超过 30 万份，协助客户发表论文 2000 余篇，总影响因子（IF）超 10000 分，平均影响因子（IF）大于 5 分。全面推动中国基因组学服务产业发展。可靠的质量已经得到了国内及国际科研领域的认可！伯豪生物秉承着“服务科技创新，护航人类健康！”的使命，为每一位伯豪生物客户提供专注、专业、高效的科研技术服务。

伯豪生物经过十多年不断投入和持续打造，伯豪生物已经成长为一家硬件精良，人才合理，技术专业，管理规范，理念先进，符合国际标准的以技术开发和技术服务见长的生物技术公司。