LncRNA高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究。
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产品优势
1. 超高的技术稳定性
同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993;
2. 丰富的项目经验
已完成万例lncRNA项目,涉及人鼠及动植物物种;
3. 精湛的技术工艺
可承接人、鼠、动植物样品,外泌体、FFPE等,样品起始量低至20ng;
4. Dr.Tom多组学数据挖掘系统交付,分析无忧
一次测序即可获得mRNA、lncRNA、circRNA及关联数据分析结果;
10大数据库注释,多维度结果图片展示,数据图表循环挖掘;
ceRNA、蛋白、共表达、关键驱动基因互作网络分析可视化;
系统随时更新文献信息,查基因得文献,便于文章撰写;
5. 严格的质量管理
实验全程采用全方位质控体系,应用质量管理体系金标准;
6. 贴心的售后支持
7*24小时全天候技术支持,快速响应客户需求。
产品应用
1. 细胞分化和发育调控机理的研究
2. 疾病标志物的寻找
3. 疾病的分子诊断
4. 基因药物的研发
信息分析内容
标准信息分析(circRNA仅限人、小鼠)
1、基本数据统计
① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息
② 样品相关性
③ 表达量分布
④ RNA分类
2、参考基因组比对
3、lncRNA、mRNA、circRNA鉴定
4、lncRNA、mRNA、circRNA定量分析
5、lncRNA、mRNA、circRNA差异表达分析(样本间、组间)
6、lncRNA、mRNA、circRNA表达/差异基因聚类
7、mRNA差异基因GO分类、富集
8、mRNA差异基因KEGG分类、富集
9、mRNA结构分析
① 可变剪切分析
② 融合基因分析(仅限人)
高级信息分析
一)数据库注释
1、转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB)
2、GSEA分析
3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释
二)互作网络分析
1、 靶基因分析
① miRNA-mRNA靶向关系分析
② lncRNA-mRNA靶向关系分析
2、 ceRNA互作网络分析
3、 蛋白互作网络分析
4、 共表达互作网络分析
三)特色分析
1、外部数据库关联分析(TCGA、ARCHS4)
2、关键驱动基因网络图分析
3、时间序列分析