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全长转录组测序
基于PacBio的单分子实时测序技术,目前平均读长可达到80Kb。
服务类别:测序/合成总访问:178
最后更新:2022-10-14半年访问:6
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基于短读长测序平台的转录组由于读长的限制(PE100/PE150),在转录本组装的过程中存在较多的嵌合体,并且不能准确的得到完整转录本的信息,从而对后面的表达量分析、可变剪接、基因融合等分析造成了较大的影响。基于PacBio的单分子实时测序技术,目前平均读长可达到80Kb,其长度已经超过一般转录组中典型的基因的长度,所以利用长读长测序平台进行转录组的研究,可以直接得到全长转录本信息,而无需组装,从而更大限度的保证了转录组测序结果的准确性。

研究内容

       全长转录组基于PacBio的单分子实时测序技术,可以直接得到全长转录本信息,无需组装,更大限度的保证了转录组测序结果的准确性,补充已注释基因组的基因注释结果,发现新的基因和转录本,鉴定可变剪接、基因融合现象、APA位点(Alternative polyadenylation,选择性多聚腺苷化位点)等,并改善基因表达定量。

      对于无参考序列的物种,全长转录组测序可以构建高质量的基因集,为后续物种的功能研究奠定基础。

      对于有参考序列的物种,可发现新的转录本,完善参考基因集;并鉴定可变剪接、基因融合等结构变异。

      此外在基因组研究中,全长转录组还可以用于辅助基因组基因注释

产品优势

华大特有技术:多倍体通量全长转录组和polyA全长转录组是华大特有技术。利用UMI技术可以实现准确定量;多倍通量相同数据量可以获得3-5倍的有效reads,检测转录本数量翻倍;polyA全长转录组可以获得全长polyA尾的长度,可研究其生物学功能。

策略多样:除常规的全长转录组文库外,还可根据需求增建5-10K大片段文库,满足客户对长转录本的研究需求。

通量大:华大基因拥有12台Sequel测序仪,通量大,测序成本低,周期短。

样品起始量低:华大基因全长转录组样本需求仅1ug。

信息分析内容全面:实时跟进科学研究前沿,不断升级信息分析内容。

个性化分析:具有丰富个性化分析经验,可根据项目需要选择更适宜的分析软件,只为保障更精准结果。

无需组装:长读长不需要组装,就可以准确的得到全长转录本的序列信息。

精准基因集:借助长读长测序平台的优势获得更精准基因集,可以改善基因表达定量的结果。

更多新发现:可以发现新的基因和转录异构体,并准确的鉴定可变剪接及基因融合现象。

辅助基因注释:可辅助基因组de novo基因注释,获得更好的基因注释结果。

经验丰富:华大基因自2015年推出全长转录组产品以来,已完成上千个全长转录组测序。目前华大基因的Sequel平台运行良好,实验及信息分析人员上机及问题处理经验丰富。

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