ChIP-Seq

 染色质免疫共沉淀（ChIP）是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟，染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing （ChIP Sequencing ），可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为研究的深入开展打下基础。
采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，再通过高通量测序与数据分析，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，并且可以基于多个样品进行差异比较。

技术流程

技术优势

周期更短：交付快至25个工作日
低起始量：DNBSEQ平台起始量可低至5ng
准确性高：DNBSEQ与HiSeq平台一致性相关系数高达0.99
关联分析：可定制 ChIP-Seq与RNA-Seq差异表达基因（DEGs）关联分析

研究内容

1)   数据过滤质控；

        a)   数据产出统计

        b)   质量、碱基比例分布图

2)   ChIP 测序序列与参考基因组序列的比对（基于1）；

        a)  比对结果统计

        b)  基因组测序深度累积分布

        c)  基因测序深度分布

3)   Peak 分析（基于2）；

        a)   Peak扫描

        b)   Peak长度分布

        c)   Peak深度分布

4)   Peak注释（基于3）；

        a)  Peak在基因功能元件上的分布

        b)  Peak相关基因分析

        c)  Peak相关基因的GO功能显著性富集分析

        d)  Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析

5)   鉴定样品间差异Peak（基于2,3）；

        对两个样品进行差异分析，确定存在样品间差异修饰的区间。

6)   样品间差异Peak注释（基于5）；

        a) 差异Peak的基因功能元件分布

        b) 差异Peak相关基因分析

        c) 差异Peak相关基因的GO功能显著性富集分析

        d) 差异Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析

7)   免费提供UCSC genome browser 使用说明（基于2,3）。

定制化信息分析

        可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容（如甲基化与转录组关联分析等）。

华大科技于2012年完成整合，致力于成为全球生命科学研究机构的首选科技服务商，为从事生命科学研究的机构和企业提供高质量、行业领先的基因测序、质谱、合成生物学、生物数据库、云计算等标准化的技术服务和综合的全流程解决方案。 目前，公司服务已经覆盖了全球100多个国家和地区，拥有7,000多位合作单位，为25,000多位行业联系人提供了杰出技术支撑与服务，更通过深度合作完成了一系列大型基因组科研计划和国际多边合作项目。科研积累上，截至2020年9月底，公司累计参与发表近1,500篇文章，其中CNNS 120+。截止2022年3月，华大自主测序平台DNBSEQTM 助力发表2,013+篇高质量文章，影响因子合计8,800+，并实现CNS三大主刊发文。