动植物de novo测序

 动植物de novo测序即动植物从头测序，指不需要任何参考序列信息即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动植物的全基因组序列，带动这个物种下游一系列研究的开展，从而推进该物种的研究。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台，为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。

产品优势

测序通量高：30+DNBSEQ、1台PacBio Sequel 、1台PacBio Sequel II、2台 Nanopore PromethION测序仪保证超高测序通量。

测序质量好：每种测序平台均执行严格质控，保证测序质量。 

平台多样化：PacBio/ Nanopore/DNBSEQ/Hi-C/stLFR多技术平台，为基因组组装提供整体解决方案。

 应用范围广：基因组图谱的完成为后续基因挖掘、物种起源及进化等研究提供大量数据支撑。 

项目经验足：分析人员从业时间久、资历深、经验丰富，精通基因组产品相关的各种分析，为项目的顺利交付保驾护航。

 结果产出高：华大基因已经成功完成1000多个物种的全基因组从头测序，合作发表顶级期刊文章245篇，封面文章27篇。

产品应用

获得物种的参考序列

研究物种起源与进化历史

挖掘功能基因

搭建物种数据库

研究内容

基因组Survey：

1.       通过多个Kmer 估计基因组大小和基因组杂合率，重复水平；

基因组组装(PacBio HiFi)：

1.       组装；

2.       短序列比对评价；

3.       BUSCO 评价；

基因组组装(PacBio CLR/Nanopore+NGS)：

1.       数据纠错；

2.       组装；

3.       组装结果长读长纠错；

4.       组装结果短读长纠错；

5.       BUSCO 评价；

stLFR组装:

1.      stLFR 组装得到Scaffold；

2.      补洞；

3.      构建Super-Scaffold;

Hi-C 辅助组装：

1.      数据测试;

2.      Hi-C分析;

3.      手工矫正，获得染色体；

4.      近缘物种比较，染色体定名；

基因组注释：

1.       repeat注释

2.       基因结构注释

3.       基因功能注释

进化分析：

1.       基因家族鉴定（10个物种以内）；

2.       物种系统发育树构建;

3.       物种分化时间估算;

4.       基因组共线性分析;

5.       全基因组复制分析;

6.       基因家族扩张收缩分析;

7.       转录因子预测；

8.       特定基因家族分析；

• 定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。

华大科技于2012年完成整合，致力于成为全球生命科学研究机构的首选科技服务商，为从事生命科学研究的机构和企业提供高质量、行业领先的基因测序、质谱、合成生物学、生物数据库、云计算等标准化的技术服务和综合的全流程解决方案。 目前，公司服务已经覆盖了全球100多个国家和地区，拥有7,000多位合作单位，为25,000多位行业联系人提供了杰出技术支撑与服务，更通过深度合作完成了一系列大型基因组科研计划和国际多边合作项目。科研积累上，截至2020年9月底，公司累计参与发表近1,500篇文章，其中CNNS 120+。截止2022年3月，华大自主测序平台DNBSEQTM 助力发表2,013+篇高质量文章，影响因子合计8,800+，并实现CNS三大主刊发文。