NCBI GEO数据库芯片、测序数据挖掘

为什么要挖掘GEO数据库？

GEO数据库（或者ENA数据库）中包含大量芯片、测序原始数据。这些数据一般都是可以免费下载使用的，充分利用GEO数据库，可以增加文章的分量，提高接受率。
当然，GEO数据库中的数据集很庞杂，数据质量也参差不齐，甚至有上传文件混淆，错误的情况，都需要我们以专业的眼光进行判断和分析。

我们总结利用GEO数据库的场景主要包括：
1，预实验。别人做过的实验，我们不用再做一遍
2，独立验证。自己的实验结果，与GEO数据集相同实验结果进行相互印证
3，联合分析。自己只做了mRNA，但GEO数据集中有甲基化的数据，可以联合分析
4，算法/数据库开发。没有自己的数据，直接使用GEO数据进行算法或者数据库二次开发

GEO芯片数据挖掘

1，常规表达谱芯片挖掘，包括表达分析，差异分析（一般GEO2R），常见作图等
2，多套数据联合分析
3，多组学联合分析

GEO测序数据挖掘

1，分析所用基因组版本不一样，需要下载原始数据重新分析
2，分析所用方法不一样，需要下载原始数据重新分析
3，单套数据的深入挖掘分析
4，多套数据集联合分析
5，多组学联合分析

       上海纽科生物科技有限公司是一家集生命科学研究、生物科技服务、产品研发为一体的服务型科技企业。 专注于生物医学领域，致力于为生物医学工作者提供个性化数据分析等服务，提高科研文章的发表效率。

       公司已经和四川大学、复旦大学、上海交通大学、中山医院、华中科技大学等多所医院、高校的研究团队建立了长期良好的合作关系，帮助客户在European Heart Journal、Circulation Research、Nature Communications等多个著名杂志期刊上发表高水平科研文章。