CERNA芯片服务

 相关系列芯片服务：
Sino lncRNA芯片、Sino circRNA芯片、Sino ceRNA芯片

þ Sino Human ceRNA芯片V3.0
Sino human ceRNA array V3.0 是一款最大程度对转录产物进行检测的高通量芯片，检测范围包括circRNA, lncRNA, mRNA, small RNA（不包括miRNA）。通过该芯片的检测，可以在全基因组范围内检测目前已知的差异RNAs分子，为后续的功能研究，特别是ceRNA机制研究提供依据。
Sino Human ceRNA array V3.0芯片特点

 

•   一举多得：可针对circRNA、lncRNA、smallRNA(miRNA除外)和mRNA进行全方位检测，覆盖范围广，一举多得，畅游ceRNA调控研究。
• 样品量少：满足总RNA量大于200 ng，就能进行芯片实验。非常适合微量样本，血来源样本，外泌体样本等。
• 平台稳定：基于Agilent eArray平台设计，采用Agilent SurePrint技术合成，稳定性好，能够对表达丰度相对较低的circRNA和lncRNA进行有效检测。
• 数据库新：芯片探针设计来源数据库包括国际主流认可circRNA数据库，lncRNA数据库等。（数据库更新时间，请蒋敏补充）
• 最新收录：芯片收录了各大数据库中有关small RNAs相关数据，包括misc_RNA ，snoRNA，snRNA等。
• 注释完整：根据已有相关数据库信息，对芯片上检测得RNAs进行疾病和外泌体检测注释。
• 验证严格：芯片对检测的circRNAs进行了严格筛选和挑选，确保后期验证的高效性。
• 预测分析：通过生物信息学的预测与数据分析，最大程度挖掘可能潜在存在的RNAs-miRNA-mRNA关系对，为后续的ceRNA机制研究提供参考。

Sino Human ceRNA array V3.0芯片参数
1. 芯片检测的RNA的数量分布

规格	探针长度	circRNA数目	ncRNA数目	mRNA数目
4×180K	60 nt	53,635	91,614	25,353

2. 参考数据库来源及数量
 

数据库	circBase	NCBI	Ensemble	Noncode V5	Lncipedia5.0
检测数量	53,635	19,592	6,833	62,670	2,519

Sino Human ceRNA array V3.0芯片数据分析流程


 

基础分析
1. 原始数据处理分析	1）数据归一化
	2）箱线图
	3）样本聚类图
	4）样本相关性分析
	5）主成份分析 (PCA)
2. 差异基因筛选	1）表达差异基因筛选
	2）散点图
	3）火山图
	4）差异基因层级聚类热图
3. 母基因功能分析（GO/KEGG）
4. circRNA吸附miRNA预测
5. lncRNA cis/trans靶基因预测
6. circRNA/lncRNA疾病与外泌体研究注释
7. 靶基因功能分析（GO/KEGG）

Sino Human ceRNA array V3.0芯片数据分析展示
 
 

1. 差异基因筛选

 
  近年的研究表明，circRNA/lncRNA分子富含microRNA结合位点，在细胞中起到miRNA海绵吸附（miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平，这种机制称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。我们通过对circRNA/lncRNA与miRNA可能结合的位点分析，预测circRNA/lncRNA吸附的miRNA分子，以便于从ceRNA角度研究circRNA/lncRNA的分子功能。
Cis: 选取与lncRNA距离小于10kb的gene作为cis作用的靶基因。
Trans: 预测采用数据库是物种对应的gene序列数据库。先采用blast选择出序列上具有互补性或相似性的序列，再利用RNAplex计算两序列之间的互补能量，选择e≤−30的序列。
lncRNA/circRNA与疾病的发生发展有着密切关系。虽然目前已知切确功能的lncRNA或circRNA不多，但已有大量相关文献报道为研究lncRNA或circRNA提供了参考。我们采用lncrnadisease（http://www.cuilab.cn/lncrnadisease）和CSCD（http://gb.whu.edu.cn/CSCD/）数据库对目前疾病中发现的lncRNA和circRNA进行注释。外泌体形成是由细胞膜内陷，形成内体(endosome)，再形成多泡体(multivesicular bodies，MVB)，最后分泌到胞外的囊泡结构。外泌体携带有母细胞的多种蛋白质、脂类、DNA和RNA（mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA）等重要信息。我们采用exorbase （http://www.exorbase.org/）和exoCarta（http://www.exocarta.org/）数据库，对已有研究的外泌体中发现的lncRNA和circRNA进行注释，为后续研究，特别是外泌体研究提供参考。
高级分析展示


 

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