LNCRNA芯片服务

 
 

•   设计平台：基于Agilent eArray平台设计，采用Agilent SurePrint喷墨打印技术合成，
•   稳定性好；
• 探针特点：经典 60 mer探针长度，检出率高，重复性好；
• 数据来源：以国际主流lncRNA数据库为基础，包括NCBI，Ensmble，NONCODE，lnciPedia，结合lncRNA疾病，lncRNA外泌体研究数据库注释，功能研究数据库整合，来源范围广，参考意义大；
• 检测范围：同时检测lncRNA和mRNA，并可实现两者数据关联。
  Sino Human lncRNA array V3.0芯片参数
  1.芯片检测的RNA的数量分布

  规格	探针长度	ncRNA数目	mRNA数目
  4×180K	60 nt	91,614	25,353

  2.参考数据库来源及数量
   

  数据库	NCBI	Ensemble	Noncode   V5	Lncipedia5.0
  检测数量	19,592	6,833	62,670	2,519

  Sino Human lncRNA array V3.0芯片数据分析
  
  
  
   

  基础分析
  1. 原始数据处理分析	1）数据归一化
  	2）箱线图
  	3）样本聚类图
  	4）样本相关性分析
  	5）主成份分析 (PCA)
  2. 差异基因筛选	1）表达差异基因筛选
  	2）散点图
  	3）火山图
  	4）差异基因层级聚类热图
  3. 差异mRNA功能分析（GO/KEGG）
  4.  lncRNA cis/trans靶基因预测
  5. 靶基因功能分析（GO/KEGG）

  Sino Human lncRNA array V3.0芯片数据分析展示
  
  
   

1. lncRNA吸附miRNA预测
2. 近年的研究表明，lncRNA分子富含microRNA结合位点，在细胞中起到miRNA海绵吸附（miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平，这种机制称为内源竞争性RNA（ceRNA）机制。我们通过对lncRNA与miRNA可能结合的位点分析，预测lncRNA吸附的miRNA分子，以便于从ceRNA角度研究lncRNA的分子功能。

1. lncRNA的cis/trans靶基因预测

• 预测采用数据库是物种对应的gene序列数据库。先采用blast选择出序列上具有互补性或相似性的序列，再利用RNAplex计算两序列之间的互补能量，选择e≤−30的序列。

1. lncRNA疾病与外泌体研究注释
2. 外泌体形成是由细胞膜内陷，形成内体(endosome)，再形成多泡体(multivesicular bodies，MVB)，最后分泌到胞外的囊泡结构。外泌体携带有母细胞的多种蛋白质、脂类、DNA和RNA（mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA）等重要信息。我们采用exorbase （http://www.exorbase.org/）和exoCarta（http://www.exocarta.org/）数据库，对已有研究的外泌体中发现的lncRNA进行注释，为后续研究，特别是外泌体研究提供参考。
   lncRNA常用数据库

• NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
• ENSEMNBL：http://asia.ensembl.org/index.html
• UCSC：http://genome.ucsc.edu/
• NONCODE：http://www.noncode.org/
• LNCipedia：https://lncipedia.org/
• LncRNADisease database: http://www.cuilab.cn/lncrnadisease
• CPC: http://cpc.cbi.pku.edu.cn/

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