MIRNA芯片服务

一、Agilent Human miRNA芯片
安捷伦科技有限公司（Agilent Technologies Inc.）作为国际领先的生物芯片制造企业，利用其先进的芯片生产工艺，开发出具有独特设计的miRNA检测芯片，能特异性地检测出成熟的miRNA并能很好地区分高度同源的miRNA 分子。该平台还具有特异性高、灵敏度高等特点。可以广泛地应用于检测和比较各类样品的miRNA表达状态，并通过分析其调控的靶基因来深入分析其调控机制或生物学功能。
Agilent表达谱芯片特点

     ²  通过特殊的探针设计区分成熟miRNA和miRNA前体的芯片平台；
 

• 无需分离miRNA，直接用Total RNA 进行实验，只需100ng的Total RNA 即可用来进行标记实验（不包括质检所消耗的量），避免了分离、富集、放大等过程带来的影响；
• 样品适用范围广：组织、血清、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验；
• 高特异性：特殊的专利探针设计能区别一个碱基的差异；
• 高灵敏度：检测丰度跨4个log，高可达6个log，只要存在6000个拷贝的分子就可以检出；
• 数据来源于miRBase 21.0版本，并方便及时更新；
• 人、大鼠、小鼠之外的动物物种，可以方便的通过earray进行个性化定制。

Agilent miRNA芯片类型及参数 Agilent表达谱芯片数据分析  

基础分析
数据质控	1．各样本的箱线图
	2．各样本的聚类图
	3．样本相关性图
	4.  PCA图
差异筛选	1．标准化后的microRNA总表
	2．差异microRNA列表
	3．差异microRNA散点图
	4．差异microRNA火山图
	5．差异microRNA聚类热图
功能注释	1．差异microRNA的靶基因注释
	2.  靶基因的GO富集
	3．靶基因的KEGG富集
高级分析
1. 差异microRNA与lncRNA关系预测
2. 差异microRNA与circRNA关系预测
3. 差异microRNA与转录因子关系预测
4．差异microRNA与靶基因的网络图
5．差异microRNA与表达谱数据共表达计算
6. 差异microRNA相关的ceRNA网络图
7. 其它高级分析内容

Agilent表达谱芯片数据分析展示
 

1. miRNA靶基因预测

    microRNA结合在靶基因的3’UTR，下调靶基因。miRNA靶基因预测有多种方法。我们主要利用TargetScan数据库关联microRNA的靶基因。

1. iRNA与靶基因网络图
   
                    miRNA与靶基因网络图             
2. miRNA－GO　Network 

miR-GO Network利用靶基因的功能注释与microRNA-mRNA靶向调控关系，构建microRNA功能调控的网络图。网络图可发现MicroRNA调控的多种基因功能，并通过网络分析，得到核心调控microRNA以及microRNA调控的核心基因功能。 miRNA－GO　Network
7.miRNA－Pathway Network 
miR- Pathway Network与miR-GO Network类似．利用靶基因的Pathway间相互作用关系，与microRNA-mRNA靶向调控关系，构建miR- Pathway调控的网络图。网络图可发现MicroRNA调控的多种信号通路，并通过网络分析，得到核心调控microRNA以及microRNA调控的核心信号通路。 miRNA－Pathway Network
 

• 为了研究miRNA的调控机制，首先预测miRNA的promoter区域，根据miRNA的promoter区域，利用HMM来预测结合的转录因子。
• 9.miRNA与表达谱芯片平台的联合分析

miRNA与表达谱芯片平台的联合分析除了和甲基化与表达谱芯片分析类似外，还可以将miRNA预测的靶基因和表达谱芯片的差异基因取交集，进行miRNA-DiffGene-Network。 miRNA-DiffGene-Network
二、中科普瑞基因芯片服务平台
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深圳中科普瑞基因科技有限公司，由基因科技领域的老兵组成的新军。企业创始人与核心骨干团队均从事该行业15年以上，目前着力布局基因检测的临床应用开发与科研技术服务平台。

中科普瑞下设全资子公司上海鲸舟基因科技有限公司/上海鲸舟医学检验所；立足新一代测序及其衍生技术，以医学生物信息学为核心，以各联合创始人在生物技术领域十余年工作和技术积累为资源依托，提供覆盖肿瘤等重大疾病风险评估，早期筛查，分子病理诊断，用药指导和预后预测，甲基化研究和应用、新型病原微生物感染和耐药的基因组检测等符合临床需求的解决方案，同时通过资本的纽带连接，打通上下游产业链，为精准医疗打造全方位医学诊断和服务平台，公司的中长期发展策略为医学大数据挖掘和人工智能的临床辅助诊断应用，公司的愿景是为每一个病患打造精准医疗路线图，为每一个健康人描绘基因风险预测全景，携带你的基因去远行！

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