RNA pulldown

技术简介

用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过Western Blot检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用，质谱实验检测特定的RNA结合蛋白鉴定蛋白质类型。

图注：云序RNA pull-down实验流程

云序优势：

低丰度富集：

富集检测低丰度目的蛋白-RNA复合物

具有成熟蛋白质组学平台：

提供RNApull-down 产物WesternBlot及质谱鉴定。

专业的生信信息分析：

提供SCI发表级别的图表。

样本要求：

样品类型

细胞、组织或IP后的RNA，其它样品信息请详询

样品量

a）细胞：5×10⁸

b）组织：500mg

c）IP后的RNA >1μg

样品运输与保存

样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

案例解析：

案例 1  RNA pull-down检测lncRNA与蛋白质相互作用 

近年来，大量的研究表明长链非编码RNA（LncRNA）与多种癌症的发生息息相关，这篇文章中作者研究了在非小细胞肺癌（NSCLCs）中起重要调控作用的lncRNA-linc00630。作者通过RNA pull-down等实验发现，linc00630主要通过结合组蛋白去乙酰化酶I（HDAC1）以及DEAD-box解旋酶23（DDX23）来发挥其功能机制。

图注：长链非编码RNA-Linc00630表达验证及功能表征

案例2  RNA pull-down检测circRNA与蛋白质相互作用

环状RNA是近年来受到广泛关注一类非编码RNA，目前主要认为环状RNA通过miRNA海绵机制调控基因表达，但是对于其更全面的分子功能知之甚少。这篇文章中作者发现在不同癌细胞中circ-Foxo3持续少量表达，而在癌细胞凋亡的过程中，circ-Foxo3表达量显著性增加。circ-Foxo3可以促进MDM2介导p53进入泛素化途径降解，使p53含量下降，同时circ-Foxo3又可以通过阻止MDM2介导Foxo3泛素化而提高Foxo3的表达量。

图注：circ-Foxo3癌细胞中表达情况

 

上海云序生物科技有限公司 

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上海云序生物科技有限公司于2015年成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等核心技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的创新技术企业。
云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子（mRNA及非编码RNA），各类测序技术（IP类，单碱基类）及eccDNA系统性解决方案。云序作为国内表观修饰&转录组领域的领军者，拥有一支具有国际水准的生物信息分析团队，不仅可以提供标准化的生物信息分析，还提供个性化的深度数据挖掘，与众多学术机构建立了合作关系，合作单位包括超过300家科研院所和高校、200余家医院等，目前已成功完成人、动植物、原核生物等在内的数百个物种；组织、细胞、血清、血浆、胎盘、视网膜，房水等不同种类型，累计上万个样本的实验及数据分析服务，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。