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wgMLST——流行病学菌株分型的新标准
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wgMLST——流行病学菌株分型的新标准
一、wgMLST数据分析简介
多位点序列分型（Multilocus sequence typing，MLST）是一种基于序列的微生物分子分型手段，其技术原理是通过测定7个管家基因的序列，并根据每个位点序列的不同为其分配等位基因号，七个管家基因的等位基因号共同组成了细菌的序列型（Sequence Type，ST）。传统的基于7个管家基因序列的多位点序列分型在过去的15年中已经证明其在细菌分型领域中不可或缺的作用。
致病菌进化速度快，耐药基因变化大，传统分型方式跟不上疫情爆发的节奏，菌株高精度分型wgMLST，以其高精度、高可靠性的分型结果，成为流行病学菌株分型的新标准。wgMLST，全称为全基因组多位点序列分型(Whole Genome Multilocus Sequence Typing)，是多位点序列分型（MLST）的一个拓展方法，由于wgMLST包含更多的基因位点（1500-4000），因此相较于传统的基于7个基因位点的MLST分型手段有着更高的精度及分辨率。随着二代测序数据成本的降低，基于二代测序数据的分型手段正在逐渐替代传统的分子分型手段。
二、wgMLST数据分析内容
1.原始下机数据处理 此步骤过滤测序质量值低的reads，保留高质量reads，进行数据质控；
2.样品组装 使用Velvet算法进行基因组组装，得到能反映样品基因组基本情况的序列文件，并对组装结果进行评价；
3.等位基因ID获取 基于Assemblybased和Assembly free两种算法对基因组内的基因位点进行等位基因ID号的获取；
4.功能注释 针对编码基因序列进行不同数据库的功能注释和致病及耐药分析等；
5.进化分析 利用wgMLST数据构建高分辨率物种分型结果，对传染病的爆发进行解释，分析目标菌种的群体结构和进化规律，为疾病预防和控制提供数据基础；
6.基因组可视化分析 结合基因组组分分析结果和功能注释结果，展示基因组的基础研究结果。
三、wgMLST数据分析范围
目前我们向用户提供以下菌种的全功能的wgMLST分析，包括：
Brucellaspp.
Campylobactercoli - C. jejuni
Clostridiumdifficile
Cronobacterspp.
Enterococcusraffinosus
Escherichiacoli / Shigella
Klebsiellaoxytoca
Klebsiellapneumoniae
Legionellapneumophila
Listeriamonocytogenes
Mycobacteriumtuberculosis
Neisseriagonorrhoeae
Salmonellaenterica
Staphylococcusaureus
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