转录组高通量测序

技术简介
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，是研究基因表达的主要手段。第二代高通量测序技术的特点赋予了转录组卓越的覆盖度、灵敏性以及基因区段特异性，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

转录组测序根据实验样本的不同分为真核生物转录组测序和原核生物转录组测序；根据有无参考基因组分为有参考转录组测序和无参考转录组测序。

技术路线图

生物信息学分析

有参考序列转录组测序信息分析

  

 常规分析：
1.测序数据质控分析
2.高质量序列与参考基因组比对
3.基因表达谱构建
4.基因的可变剪切分析（真核生物）
5.基因结构优化及新转录本预测
6.新基因的功能注释
7.SNP、InDel等基因结构变异筛查

高级分析：
8.样本间基因差异表达分析
9.差异表达基因的功能分析

个性化分析：
10.根据客户需求进行个性化定制分析

无参考序列的转录组测序信息分析

 

常规分析：
1.测序数据质控分析
2.转录组的拼接和组装
3.Unigene的长度统计及功能注释
4.Unigene的表达谱构建
5.Unigene的GO分类
6.Unigene的代谢通路分析
7.SNPs分析

高级分析：
8.Unigene在样本间的表达差异分析
9.样本间差异基因的GO分类和代谢通路富集性分析

个性化分析：
10.根据客户需求进行个性化定制分析。
 

案例解析

转录组热图

热图展示30个组织和器官中转录因子的表达水平，层次聚类分析将转录因子归类为普遍型和组织特异型。

 

基因表达差异分析

哺乳动物Rap1基因敲除样本与野生型样本比较，具有不同功能的基因表达上调及下调分析。 

 

代谢通路分析

利用KEGG注释toll受体基因并构建其相关信号代谢途径，同时展示与健康组织相比较时牙周炎组织的高表达基因。

测序策略及数据量

测序策略：PE100或PE125

建议数据量：真核生物：一般测序：5～6Gb；深度测序：10Gb

原核生物：一般测序：1Gb；深度测序：5~10Gb

北京阅微基因技术股份有限公司（证券简称：阅微基因，证券代码：873723.NQ）主要从事多基因联合检测产品的研发、生产和销售业务，并基于中等通量基因检测技术平台为下游客户提供技术服务及创新解决方案，产品及服务广泛应用于临床医学、法庭科学、工农业及其他领域。

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阅微基因以市场需求为导向，充分发挥在基因检测领域的技术积淀，以“中通量荧光PCR-毛细管电泳平台”为核心技术平台，形成检测设备、检测试剂及软件系统开发和服务等关键能力，致力于重大疾病谱的临床医学领域和法庭科学基因检测领域的技术进步和产品开发，逐渐成为国内基因检测领域具有设备、试剂、软件一体化优势的创新企业。