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16S rDNA基因测序，通常是选择某个或某几个变异区域，选择通用引物进行扩增成PCR产物，然后进行测序分析和菌种鉴定。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。
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核糖体RNA（rRNA）是生物细胞中主要的核糖核酸之一。rRNA分子的一级结构既具有高度保守性区域，又具有高度变化特异性区域。保守区域反映了生物物种间的亲缘关系，可用于构建生命统一进化树，而高度变化特异区域则能表明物种间的差异，可用于区别属或者种。
16S rRNA位于原核细胞核糖体小亚基上，是细菌分类学研究中最常用的"分子钟"，其序列包含10个保守区域和9个高度变化特异性，其中保守区在细菌间差异不大，高度变化性特异性区域具有属或种的特异性，序列则随菌间的亲缘关系不同而有一定的差异。因此，16S rRNA基因是能揭示生物物种的特征核酸序列，被认为是最适于细菌系统发育和分类鉴定的指标。
16S rDNA基因测序，通常是选择某个或某几个变异区域，选择通用引物进行扩增成PCR产物，然后进行测序分析和菌种鉴定。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定，微生态研究等方面起到重要作用。
18S rDNA或ITS（Internal Transcribed Spacer）被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。ITS属于中度保守的区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。
B-V1-9A-F(10 nmol)
5'-GAGTTTGATCATGGCTCAG-3'
B-V1-9C-F(10 nmol)
5'-GAGTTTGATCCTGGCTCAG-3'
B-V3-541R(10 nmol)
5'-WTTACCGCGGCTGCTGG-3'
W=A or T
B-V6-967F(10 nmol)
5'-CNACGCGAAGAACCTTANC-3'
N=A or G or C or T
B-V6-1046R(10 nmol)
5'-CGACAGCCATGCANCACCT-3'
B-V9-U1406R(10 nmol)
5'-CGGAACATGTGTGGCGGGCAG-3'
B-V9-N1406R(10 nmol)
5'-AACGTGAGTGGCGGGCA-3'
B-V9-UA1406R(10 nmol)
5'-AACRTGWGTGGCGGGCA-3'
R=A or G
W=A or T
B-V9-1541R(10 nmol)
5'-AAGGAGGTGATCCANCCRCA-3'
N=A or G or C or T
R=A or G
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【参考文献】
Nam Y-D, Jung M-J, Roh SW, Kim M-S, Bae J-W. (2011) Comparative Analysis of Korean Human Gut Microbiota by Barcoded Pyrosequencing. PLoS ONE 6(7): e22109.
Baker GC, Smith JJ, Cowan DA (2003) Review and re-analysis of domain specific 16S primers. J Microbiol Methods 55: 541–555.
手机版：细菌16S rDNA扩增引物
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