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高通量测序-转录组测序及分析，数据深入挖掘
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| 服务商： 西农生(北京)生物技术有限公司 | 查看该公司所有服务 >> |
转录组测序及分析，数据深入挖掘
Illumina 2500 高通量测序平台，通过信息分析，可获得基因表达差异信息、SNP分析、预测新转录本等信息，为研究基因的结构和基因的表达调控提供了重要的手段。
样品要求
样品需求量（单次）：≥5μg;
样品浓度：≥80 ng/μL;
样品纯度：OD260/280≥1.8；OD260/230 ≥1.8；RIN ≥6.0，23S:16S≥1.0
实验流程
提取样品总RNA后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除rRNA后进入下一步）。加入fragmentationbuffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（randomhexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymeraseI合成第二条cDNA链，在经过QiaQuickPCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加poly（A）并连接测序接头，然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择，最后进行PCR扩增，建好的测序文库用IlluminaHiSeq™ 2500进行测序。
分析流程及内容：
标准信息分析
l 对原始数据进行去除接头和低质量reads的处理
l 测序评估
l 基因表达注释
l 基因差异表达分析
l 预测新转录本
l 等位基因差异表达分析（需正反交实验设计）
无参考序列信息分析
l 对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理；
l 数据产出统计及测序数据的成分和质量评估；
l 组装结果分析（Contig长度分布、Unigene*长度分布）；
l Unigene 功能注释及COG分类；
l Unigene 的GO分类；
l Unigene 代谢通路分析；
l 预测编码蛋白框（CDS）；
l Unigene 表达差异分析；
l Unigene 在样品间的差异GO分类和Pathway 富集性分析；
l SNP 分析；
l SSR 开发及引物设计；
l 主成分分析（五个或五个以上样品）；
l 条件特异表达分析（五个或五个以上样品）
数字基因表达（DGE）
- 基因表达水平分析
- 差异表达基因分析
- GO/KEGG
- 蛋白相互作用
- 基因共表达网络构建
可根据需求进行个性化分析，提供分析代码，客户可重现分析。
另：提供单细胞测序、LncRNA测序等。
