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随着细菌基因组研究的迅速发展，全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间，让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。
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MiSeq 高通量测序平台
Illumina公司开发的MiSeq测序仪，它是Illumina公司于2011年2月推出的小型测序平台，是一台内置簇生成和数据产生的测序仪，具有测序速度快，数据准确的优点，可实现300bp×2的测序长度，具备革命性的便捷流程。
性能参数：
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读长 |
时间 |
总数据量 |
Q30 |
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1×36 |
~4hrs |
540-610 Mb |
﹥90% |
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2×150 |
~24 hrs |
4.5-5.1 Gb |
﹥80% |
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2×250 |
~39 hrs |
7.5-8.5 Gb |
﹥75% |
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2×300 |
~65 hrs |
13.2-15 Gb |
﹥70% |
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应用：微生物多样性分析、宏基因组测序、转录组de novo测序、微生物基因组测序、小RNA测序、表达谱、ChIP-Seq |
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环境微生物群落多样性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台，对核糖体RNA高变区域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。
优势
★ 采用定向测序技术，避免了非定向测序造成的数据冗余，能充分利用每条有效序列，且便于后期的菌群分类处理。
★ 开发了一套稳定的多样本平行测序实验方案，并解决了样本间数据量不平衡的技术难题，一次可实现200个样品的平行测序。
★ 环境微生物群落多样性分析有Roche 454 FLX +和Illumina MiSeq两种高通量测序平台可供选择，根据不同的测序要求提供不同的解决方案。
★ 众多的成功案例，使宝杰罗生物在环境微生物群落多样性测序及分析方面处于国内领先地位。
技术路线
生物信息分析流程
研究内容
1. 数据统计分析
2. 数据根据Barcode信息回归样品
3. OTU（Operational Taxonomic Units）聚类
4. 稀释性曲线（Rarefaction Curve）
图2 稀释性曲线
5. 分类学分析（Silva数据库）
6. 菌群多样性、丰度和测序深度指数计算
7. 多样品间两两sharedchao、sharedace指数计算
8. 组间显著性差异分析
9. 群落结构分析
图 3单样品群落结构饼图 图 4多样品群落结构柱状图
10. 分类学树状图
图 5单样品分类学树状图 图 6多样品分类学比对树状图
11. 多样品相似度比对
图 7 多样品相似度比对树状图 图 8 多样品相似度比对heatmap图
12. 样品OTU分布比较
图 9样品OTU分布比较Venn图
13. PCA（Principal component analysis）分析
图 10 PCA分析
14. Weighted and unweighted unifrac PCA分析
图 11 Weighted unifrac PCA分析
送样要求 1
1. 样品类型： DNA
2. 样品需求量：≥500ng
3. 样品浓度： ≥10ng/μL
4. 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。
送样要求 2
1. 样品类型： PCR产物
2. 样品需求量：≥100ng
3. 样品浓度： ≥5ng/μL
4. 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保PCR产物无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。
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