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lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点，借助高通量测序，研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。
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长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指长度在200~100000 nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子。它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式，具有跨物种的低保守性，组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA，保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本，而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白质运输和mRNA降解。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点，借助高通量测序，研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。
技术路线
生物信息学分析
样品要求
1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2）样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供2 μg以上的总RNA。
3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
应用案例
Jian-Feng Xiang, Qing-Fei Yin, Tian ChenHumanet al,. Human colorectal cancer-specific CCAT1-LlncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Research, (2014) :1-19.（lncRNA测序工作在晶能生物公司完成）
本研究对人类结肠癌组织和正常黏膜组织进行RNA测序，两种样本分别得到52 M和 59 M reads。通过比较发现，人类结直肠癌组织中的MYC基因上游515 kb处特异性地转录生成一种长链非编码RNA—CCAT1-L。功能研究表明，抑制CCAT1-L会降低MYC基因表达；过表达CCAT1-L，会增强MYC基因表达，并促进肿瘤发生。进一步研究发现，编码这种lncRNA的基因座定位在一个超级增强子中，该lncRNA—CCAT1-L通过调节CTCF与染色质的结合来促进MYC基因增强子与启动子远程染色质环的形成。以上研究结果表明，lncRNA在肿瘤形成的过程中充当了一种重要的调控因子。
研究方法：
1. RNA-seq发现结肠癌组织lncRNA—CCAT1-L。
2. 用northern blot和qRT-PCR在其它病人的结肠癌组织进行验证。
3. ASO knockdown 和过表达研究CCAT1-L功能。
4. ChIP研究CCAT1-L调控染色质成环机制。
结果分析：
1. 结直肠癌组织中的MYC基因上游515 kb位点特异性地生成lncRNA—CCAT1-L
2. 编码CCAT1-L的基因座定位在一个超级增强子中
参考文献
[1] Annalisa Di Ruscio, Alexander K. Ebralidze, TouatiBenoukraf, et al,. DNMT1-interacting RNAs block. Nature, 2013, 573:371-376.
[2] Derrien T, Johnson R, Bussotti G , et al,. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res. 2012 22: 1775-1789.
[3] Jihua Ding, Qing Lu, Yidan Ouyang, et al,. A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659.
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