高通量测序及生物信息学技术

宏基因组研究的对象是整个微生物群落。微生物群落里的众多细菌是共同生长、共同影响，共同发挥其生理功能。在研究人体微生物或者环境微生物时采用宏基因组技术比单个细菌研究更能发现其特征以及行使的功能。另一方面，宏基因组研究对于众多不能培养分离单个细菌的菌群提供了研究途径。新一代测序技术近年来的革命性发展给宏基因组学的发展提供了重要条件，我们可以通过高通量深度测序，灵敏的检测出微生物群落结构随不同宿主或者外界环境的改变而发生的极其微弱的变化，对于我们研究微生物与人的关系、微生物与环境的关系有着重要的理论和现实意义。

基于新一代测序的技术路线，我们提供16S rDNA特定区域如V3，V4，或V6区的扩增和Illumina hiseq2000测序和整个基因组测序服务两种技术路线。   

    将过滤后的Illumina paired-end reads 两端重叠区域连接，构成一段完整的16S rDNA的V3，V4，或V6区序列，通过与数据库比对，对其进行物种分类，并且根据聚类距离进行OTU分类，将OTU与物种分类相对应。

    构建插入片段在300-500bp的Illumina insert library并进行2X100的测序，根据测序结果进行一系列的生物信息学分析。比如:与已有数据库比对，基于相关的非冗余基因集，并统计每个基因在样品中相对丰度，基于基因的功能注释信息，基于基因的物种注释信息，得到各个分类级别（科、属）的分类表等；个性化分析，视课题情况而定。

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