转录组测序技术服务

        转录组测序是基因结构和功能研究的基础。基于新一代高通量测序技术的转录组测序，已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等。与表达谱研究相比，转录组测序除了可对转录本进行更加准确的定量外，还可进行更为复杂的序列分析，如新转录本和罕见转录本发现、cSNP和InDel鉴定、可变剪切鉴定、染色体重排鉴定、lncRNA和UTRs鉴定等，获得更为精确完整的基因功能图谱和突破性的发现。

 

(一) 454转录组深度测序

2008年10月，在原来测序的基础上，454推出了全新的GS FLX Titanium系列试剂和软件，让GS FLX的通量一下子提高了5倍，准确性和读长也进一步提升。ROCHE公司最新一代454(GS FLX Titanium)，相对于升级前的454来说，读长更长，可达400bp，一次反应获得reads数更多，最多可达80万reads。与ABI的SOLID和Illumina公司的HiSeq2000相比，由于读长较长，尤其适合于De novo测序和新物种的转录组测序。

• 速度快：一个测序反应耗时10个小时，获得4-6亿个碱基对

• 读长长：单个序列的读长更长，平均可接近400个碱基左右

• 通量高：每个反应可以得到80万个序列读长

• 准确度高：单一读长的准确性可以超过99%

• 一致性好：测序结果一致性超过99.99%

• 简便高效：不需要进行克隆挑取、质粒提取等烦琐的工作

 

承诺指标：转录组测序，大于80万条reads/run，平均读长300-400bp/reads。时间30~40工作日。 微生物基因组测序，20~30倍覆盖率；草图：4周，完成图：4~8周。

 

1.样品抽提与质控，保证获得高质量的RNA（2ug）或DNA（20ug）；

2.文库构建；

3.454测序；

4.拼接组装BLAST；

5.功能注释。

 

客户案例

成功进行454测序的物种有：木荷，荷花，松树，牡蛎，枣，扇贝，杉树，丹参，棉花，金钱鱼，对虾，油松，大菱鲆，西瓜，火龙果，蛏子，蚊子，虫子，楸树，苹果、白虾，蛇足石杉等多种动植物及病毒。

 

(二)  Illumina转录组测序

提供基于Illumina HiSeq2000高通量测序平台的转录组测序服务。无需针对已知序列设计探针，便可对任意物种的整体转录活动进行检测，发现大规模功能基因。

技术特点：

1 通量高

2 费用低

3 检测范围广

 

1. 测序
对客户提供的样本进行RNA抽提和质检，检测合格后进行RNA样品制备、测序文库构建、测序。

2. 数据处理
对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理，并统计reads的长度分布、Reads数量、数据产量。

3. 标准数据分析

A. 无参考基因组的转录组分析（De novo Transcriptome Analysis）

B. 有参考基因组的转录组分析（Transcriptome analysis with reference genome）

 

转录组测序样本要求：

²  样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。

²  样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

²  样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。

²  样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

²  样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。

 

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