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1.TF-Network；2.GO-Analysis；3.Pathway Analysis；4.Path-Net；5.MicroRNA-Gene-Net；6.MicroRNA-GO-Network
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分析思路
1.microRNA 前体的转录因子调控网络——TF-Network
构建甲方提供miRNA前体的转录因子调控网络，从而来发现调控miRNA前体的关键转录因子。该网络反映调控目标miRNA所有的转录因子，并系统的研究转录因子与基因的调控关系，从中得出关键的转录因子及被关键转录因子转录调控的基因。
2.对目标靶基因进行功能的显著性分析——GO-Analysis
对靶基因进行功能的显著性分析，筛选出显著性的功能和所属靶基因，进一步缩小靶基因的范围，其中对靶基因进行功能显著性分析是基于Gene Ontology数据库。
3.信号转导通路的显著性分析——Pathway Analysis
细胞信号转导通路是多个蛋白质间相互作用，共同调节细胞功能和代谢活动的过程，目前，KEGG是有关Pathway的主要公共数据库，Pathway Analysis是对MicroRNA调控的靶基因按照KEGG进行Pathway分类，并对靶基因进行基于离散分布的显著性分析，得到显著性的Pathway分类。
4.信号通路作用网络——Path-Net
根据KEGG数据库中的Pathway间的相互作用关系，构建MicroRNA调控的靶基因的显著性Pathway间的作用网络，利用图论的方法分析确定网络中的核心Pathway及其所属的靶基因。（例如：源头发散型pathway，接收表现性pathway，pathway的激活传递关系。）
5.MicroRNA与基因的调控网络——MicroRNA-Gene-Net
将显著性功能与显著性Pathway所包含的靶基因取交集后与甲方提供的microRNA构建基因与microRNA调控网络。而后，根据网络中microRNA的位置函数计算出microRNA在网络中的关系强度，即microRNA的网络特征值。特征值最高microRNA处于网络的枢纽性地位，该microRNA调控能力最强，对网络结构和样本性状有重要的调控价值，同时从网络中也可以得到被microRNA调控的关键靶基因。这里取甲方提供的MicroRNA，构建MicroRNA与基因的调控网络，根据构建的MicroRNA与基因的调控网络，得到网络中具有重要调控地位的MicroRNA和被调控的关键的靶基因。
6.microRNA对基因功能的调控网络——MicroRNA-GO-Network
根据甲方提供的MicroRNA和被调控靶基因的显著性功能，利用MicroRNA和靶基因功能的属性，构建microRNA-GO 网络。该网络反映目标microRNA对基因功能的作用关系。根据网络中各microRNA的位置函数计算出网络特征值。特征值最高的microRNA处于网络的枢纽性地位，该microRNA对多个基因功能和样本状态有重要的调控价值，同时，评价GO在网络中的特征值，可以发现甲方提供的MicroRNA所调控的核心功能。
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