康成生物提供基于Illumina Genome Analyzer IIx测序系统的高通量测序服务项目,为基因组,转录组以及表观遗传组等研究领域的广大研究人员提供更深入,更全面的技术服务。
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DNA甲基化测序服务
DNA甲基化是表观遗传(Epigenetics)调控的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要的作用,是目前新的研究热点之一。在哺乳动物中,甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上,通过使用5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段,并结合Illumina高通量测序平台,对所有富集的DNA片段进行高通量测序,研究人员能够获得全基因组范围内高精度的甲基化状态,为深入的表观遗传调控分析提供了更有利的切入点。
康成生物为您提供甲基化测序技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的技术服务人员就可为您完成全部实验操作,包括超声打断基因组、甲基化DNA免疫共沉淀、MeDIP与 Input DNA文库构建、高通量测序和数据分析、并提供完整的实验报告。 |
DNA甲基化测序技术优势
* 灵活度高:能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序,无需已知的基因组序列信息。
* 检测范围广:覆盖整个基因组范围的甲基化区域。
* 精确度高:能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。
* 数字化信号:直接对甲基化片段进行测序和定量,不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
康成MeDIP-seq技术服务优势
*MeDIP富集效果特异性佳:MeDIP是获得准确测序数据的关键。康成MeDIP平台经过不断地优化,抗体富集效率高和特异性好。
*图释:康成优化后的MeDIP平台效果。横坐标为MeDIP-score其数值大小代表基因启动子甲基化水平,纵坐标为基因的数目。左图为用经典MeDIP方法构建测序文库的效果,阳性基因H19和Xist的信号无法和阴性基因GAPDH进行区分。右图为优化后的结果展示,阳性基因的MeDIP-score值远高于阴性基因,证明抗体富集的特异性。 |
*严格的质控体系:康成生物在MeDIP-seq每个关键步骤都加入了质控实验。这些QC数据能够评估每个步骤的质量。如果达不到标准,我们会重复实验步骤或者优化实验体系,使得每个样品都能够顺利进入下个实验环节。
*图释: MeDIP-qPCR 质控。测序实验之前先对MeDIP实验效果进行评估,确定抗体富集的特异性。图中H19的启动子区域为阳性对照,管家基因GAPDH启动子区域为阴性对照,检测结果以MeDIP样品和Input样品的qPCR数据的比值表示。可以看出:MeDIP特异地富集甲基化的DNA区域,且阳性信号远高于背景噪音。 ![]() |
*图释: MeDIP-seq技术服务流程和关键步骤的质量控制
*优化的文库制备流程: 起始量少至1μg乃至更少量的起始DNA样品即可进行甲基化测序实验;同时,对MeDIP富集过程及测序文库严格的质量监控保证了高品质的测序结果。
*对DNA甲基化水平进行数字化定量分析:通过对测序得到的大量序列进行深入分析,MeDIP-seq得到的序列信息能够转换为可定量的甲基化水平信息。对基因组任意区域的甲基化水平给出定量的结果,并分析差异甲基化的区域。
*可视化分析: 提供50bp精度的全基因组DNA甲基化信号可视化数据。通过UCSC基因组浏览器(UCSC genome browser),任意区域的甲基化水平能够直观的进行展示和比较。
康成生物提供的DNA甲基化测序服务流程
1. 甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP)
2. 测序文库构建
3. DNA成簇(Cluster)扩增
4. 高通量测序
5. 数据分析
6. 提供实验报告
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