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高通量测序服务——宏基因组学研究
美吉拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,可以根据合作伙伴要求灵活安排实验,实验周期短,质量可靠。
服务类别:测序/合成总访问:2391
最后更新:2015-7-14半年访问:6
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高通量测序服务——宏基因组学研究

详细描述:
宏基因组学(Metagenomics)是将环境样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。与传统的微生物个体研究相比,宏基因组学的研究手段是直接从环境样品中提取基因组DNA后进行测序分析。这种新的研究技术具有许多优势:① 自然界中,有许多微生物是不能在实验室条件下进行培养繁殖的,宏基因组学研究不要求对微生物进行分离培养,从而大大扩展了微生物研究范围;② 宏基因组学引入了宏观生态的研究理念,对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究,可以更准确地反映出微生物生存的真实状态。
采用第二代高通量测序技术进行宏基因组学研究,无需构建克隆文库,可以直接对环境样品中的基因组片段进行测序,这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差,简化了宏基因组研究的基本操作,提高了测序效率,从而极大地促进了宏基因组学的发展。
 
美吉优势
1.      拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,可以根据合作伙伴要求灵活安排实验,实验周期短,质量可靠。
2.      拥有Roche 454和Illumina Solexa两种高通量测序平台,合作伙伴可根据具体需求进行选择,以获取最佳的实验结果。
3.      技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求在第一时间提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
4.      拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。
 
生物信息分析
1.      物种鉴定
将所得序列(通常为16S/18S rRNA等兼具保守及高变特性的序列)与专业数据库(Silva、RDP等)进行比对,得出样品中所含物种的信息。
2.      多样性统计学分析
将所得序列(通常为16S/18S rRNA等兼具有保守及高变特性的序列)进行聚类,得到相应的OTUs(分类操作单元)。通过统计学手段,分析出环境样品中的主要成分及不同样品间的明显差异因素。结合物种鉴定,可以得到关键菌群。
3.      宏基因组拼接
对环境样品DNA进行大规模测序后,通过严格的拼接方式,可获得较长的DNA片段。当样品的生物多样性较低,且达到一定测序通量后,很有可能直接获得一个或多个微生物基因组草图。
4.      功能分析
将所得序列与已有的数据库进行比对,进行基因功能的注释。其中,常用的数据库包括NT、NR、GO、COG、KEGG、SEED、Swiss-Prot等。
5.      微生物群落结构及功能
通过大量测序,可以获得样品的群落结构信息,如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等。通过实验还可以确定一些特殊的主要基因或DNA片段。对于多个样品,还可做相应的比较分析,发掘样品间的相同点与不同点。
 
成功案例
目前,美吉生物已经承担了多个国内知名院校的宏基因组项目的测序和分析工作,领域涉及土壤、水样(海洋、湖泊、鱼塘)、污泥、发酵罐、生物膜、叶子表面、肠道、瘤胃、口腔等环境样品中的微生物。利用Roche 454和Illumina Solexa 高通量测序平台,美吉生物积累了大量的案例分析经验,并建立了一套完整的宏基因组分析流程。
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