举例分享对黑胶虫样本进行DNA测序鉴定其为细菌的依据
黑胶虫污染是一个老生常谈的话题。目前，科研界对黑胶虫的污染特征没有统一的判定标准，通常污染特征总结有：
1）活跃游动、旋转梭动或原地颤动
2）呈杆状、球状、卵圆状；
3）培养基不浑浊；
4）复苏或传代时往往会出现黑胶虫污染，并且与细胞呈现此消彼长的现象。
我们对多个黑胶虫样本进行测序鉴定，这里举两个典型鉴定结果给大家分享：
图1 Sphingomonas（鞘氨醇单胞菌）单个及菌落图
| 属名 | 样本2，15，21，27鉴定为Sphingomonas sp.（鞘氨醇单胞菌属） |
| 能否游动 | 以单侧生极性鞭毛运动 |
| 类别 | G-菌 |
| 形状 | 杆状；菌落为黄色 |
| 大小 | 0.3-0.8 * 1.0-2.7µm |
| 特点 | 该菌属至今共有12个种，是一类丰富的新型微生物资源，可用于芳香化合物的生物降解，在环境保护及工业生产方面具有巨大的应用潜力 |
| 分布范围 | 河水、根际、地表及深层的地下的沉积物、海洋，甚至极地土壤中都有它们的踪迹 |
图2 Brevundimonas vesicularis（泡囊假单胞菌）单个及菌落图
| 属名 | 样本4，19鉴定为Brevundimonas vesicularis（泡囊假单胞菌）属于Brevundimonas sp.（短波单胞菌属） |
| 类别 | G-菌 |
| 形状 | 杆状；菌落为圆形，凸起，表面湿润光滑，边缘整齐 |
| 大小 | 0.4-0.5X 1-2μm |
| 代表种 | 泡囊短波单胞菌是一种较罕见的非发酵性病原性假单胞菌，在人体可引起肺炎、败血症、皮肤炎症和坏死性蜂窝织炎等 |
| 分布范围 | 通常存在于土壤、河流等自然界中 |
这些黑胶虫样本被鉴定为细菌。另外我们也查阅了大批文献，十几年前就有人做了相关研究，很多都鉴定为细菌，例如以下这篇[1]：
图3 客户文献截图
这篇文章讲述的是，首先从黑胶虫污染细胞样本中分离得到黑胶虫，然后从黑胶虫中提取基因组DNA进行基因测序及分析，鉴定出的黑胶虫为无色杆菌属(Achromobacter)。
细菌已经在地球上存在三十多万年了，具有不同的形状，根据形状主要分为三类，即：球菌、杆菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）（图4）。鞭毛是着生在细菌表面的丝状运动器官。由于鞭毛很细，只有用特殊的染色法，才能用光学显微镜观察到。直径12～25nm，长3～12μm，柔软、波形（图5）。
图4 细菌模式图和细菌形状分类
 图5 细菌鞭毛分布图 |
单生（一根鞭毛着生于一端） 双生（两根鞭毛分别着生于两端） 单丛生（一丛鞭毛着生于一端） 双丛生（两丛鞭毛分别着生于两端） 周生（多根鞭毛遍布于菌体上） |
鞭毛有三种运动方式：在液体中泳动，在固体表面上滑行，在液体中旋转梭动。所以难怪，我们看到的黑胶虫不是在液体中活跃游动，就是在液体中旋转梭动，这就和黑胶虫被鉴定为细菌的结果相吻合了。
