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多重SNaPshot SNP分型技术
在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。
服务类别:测序/合成总访问:6914
最后更新:2009-12-21半年访问:15
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分型原理
该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。整个技术的示意图如下:
 

Multiplex SNaPshot 单碱基延伸

 

方法特点:

  1. 分型准确:该技术也称小测序技术,其准确度仅亚于直接测序。
  2. 多位点同时检测:可以同时检测达12个位点,而RFLP及Taqman一次仅能检测一个。
  3. 不受SNP位点多态特性限制: 不管该位点是G/C, A/T, G/A, C/T还是插入/缺失多态,都可以放在一个体系中检测,而SNPstream则不适合这种组合。
  4. 不受样本量的限制:而Taqman及SNPsteam对少量样本不适合。
  5. 可以检测出受污染的样本:如果一个样本的分型峰谱偏离正常的分布,它可以提示该样本可能受到污染或浓度过低,而其它分型方法则不能做到这一点

应用对象:多个SNP位点(≥8个)的分型项目,样本量可以几十个到上千个

客户需要提供: DNA样本以及需要检测的SNP位点信息(也可以只是具体基因区域,位点由我们挑选或推荐)

我们提供的服务内容:
1)课题的设计咨询包括检测位点的选取;
2)DNA样本的质检与标化;
3)SNP分型所用引物的设计、合成与优化;
4)Multiplex SNaPshot SNP分型;
5)分型数据的质量评估。
注:对于质量保证的样本,SNP分型检出率98%以上。

提供给客户的结果报告将包括原始数据文件、实验步骤、分型结果以及质量评估报告等

完成期限:对于一个组合(8-12个SNP位点),引物设计、合成与优化需10个工作日;1000个样本分型一个组合15个工作日

检测费用:请来电询价
实例:
A) 12个SNP位点的分型图

Multiplex SNaPshot 单碱基延伸

 

B) 单个位点分析图(位点RSxxxxxx
样本1, 基因型A/A
Multiplex SNaPshot 单碱基延伸
样本2, 基因型G/G
Multiplex SNaPshot 单碱基延伸
样本3, 基因型G/A
Multiplex SNaPshot 单碱基延伸

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