siRNA(小的干扰RNA)是在RNA干扰过程中人工体外合成的小片段RNA,由约20个碱基对组成,包括5个磷酸盐,2个核苷和3个悬臂。siRNA 直接转染可以方便地实现顺时基因沉默...
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:专利的siRNA设计软件
在培养的哺乳动物细胞中成功进行RNA干扰试验取决于多种因素。设计和确认特异而有效的siRNA 位点,并将其高效地运送到预期的靶细胞是尤其重要的。为了简化设计过程,Bioneer与韩国国家基因组信息中心合作研发了专利的siRNA 选择淘汰系统----Turbo siRNA Designer。该系统能高效确认siRNA靶点,具有很高的成功率。Turbo siRNA Designer的性能评估是通过设计数百个siRNAs,经定量PCR 检测其敲除率来实现的。与其他基于网络的设计软件相比,我们的软件可以较高地预见到能够进行有效基因敲除的功能性siRNA。值得注意的是:获得较低评分的siRNAs 大多是无功能的,表明无效的siRNAs 可被Turbo siRNA Designer 有效淘汰(如下图)。详细资料请联系ascn@bioneer.com 获取。
图1. 利用Turbo siRNA Designer 设计的siRNAs,通过Northern blot 和实时定量PCR 分析敲除率。A) 高评分siRNAs 的敲除率,B) 低评分siRNAs 的敲除率。(a: siRNA 进行15% 聚丙烯酰胺凝胶电泳;b: Northern blot 分析;c: 实时定量PCR 分析)