人类DNA目标区域测序

目标区域测序（Target Region Sequencing, TRS）是根据感兴趣的基因组区域设计特异性探针，与基因组DNA进行液相杂交，将目标基因组区域的DNA片段进行富集后再利用第二代测序技术进行测序的研究策略。

图1 技术流程

华大可提供以下两种目标区域捕获探针：Agilent SureSelect Target Enrichment System及NimbleGen SeqCap EZ Choice。

1、Agilent捕获系统

      Agilent SureSelect Target Enrichment System液相捕获，是基于120mer的RNA寡核苷酸探针或者叫“baits”。Baits上连接的生物素，可以被链霉亲和素标记的磁珠吸附。打断后的基因组片段，与baits进行杂交，捕获目标片段。利用磁珠吸附出带有baits的DNA片段后，进行磁珠洗脱、RNA探针降解，最终获得目标区域DNA片段。

图2 Agilent SureSelect捕获流程

2、NimbleGen捕获系统

      与Agilent的捕获原理类似，NimbleGen采用DNA探针，以高密度探针著称，因此价格也相对较高。如下图所示，NimbleGen利用高密度的50-105mer的DNA探针来覆盖目标区域。

 

图3 NimbleGen探针设计示意图

定制化芯片型号

芯片名称	Reactions/kit	芯片大小
Agilent Sureselect XT Custom Kits	16, 96	1~499Kb，0.5~2.9Mb，3~5.9Mb，6Mb~11.9Mb，12Mb~24Mb
NimbleGen SeqCap EZ Choice Kits	12, 24, 48, 96, 384, 960	100kb-7Mb
NimbleGen SeqCap EZ Choice XL Kits	12, 24, 48, 96, 384, 960	7Mb-200Mb

标准信息分析

1. 去除接头污染和低质量数据

2. 数据通过BWA与UCSC hg19数据库进行比对

3. 数据产量统计分析、测序深度分析、覆盖度均一性分析

4. SNP变异信息检测（SAMtools、SOAPsnp、GATK）

5. SNP的RefGene注释

6. SNP数据库分析（与dbSNP、千人基因组数据、ESP外显子组数据库以及炎黄基因组（仅亚太地区）数据进行数据库注释分析）

7. 单样品SNP保守性预测、致病性分析（仅针对人类样本，软件：SIFT、Polyphen-2、Phylop、GERP scores、Mutation assessor、Condel、FATHMM）

8. SNP在各基因功能元件上的分布统计

9. InDel变异信息检测(SAMtools、GATK)

10. InDel的RefGene注释

11. InDel数据库分析（与dbSNP 、千人基因组数据、ESP外显子组数据库、炎黄基因组（仅亚太地区）进行数据库注释分析）

12. InDel在各基因功能元件上的分布统计

注：SIFT、Polyphen-2、Phylop、GERP scores、Mutation assessor、Condel、FATHMM这几个数据库的分析仅针对人类样本。

华大科技于2012年完成整合，致力于成为全球生命科学研究机构的首选科技服务商，为从事生命科学研究的机构和企业提供高质量、行业领先的基因测序、质谱、合成生物学、生物数据库、云计算等标准化的技术服务和综合的全流程解决方案。 目前，公司服务已经覆盖了全球100多个国家和地区，拥有7,000多位合作单位，为25,000多位行业联系人提供了杰出技术支撑与服务，更通过深度合作完成了一系列大型基因组科研计划和国际多边合作项目。科研积累上，截至2020年9月底，公司累计参与发表近1,500篇文章，其中CNNS 120+。截止2022年3月，华大自主测序平台DNBSEQTM 助力发表2,013+篇高质量文章，影响因子合计8,800+，并实现CNS三大主刊发文。