是将重亚硫酸盐处理方法和高通量测序平台相结合,进行全基因组范围内精准甲基化的研究方向。
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全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和高通量测序平台相结合,进行全基因组范围内精准甲基化的研究方向。该方法能够广泛应用于细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病等应用性研究。
产品优势
◇ 检测精度:单碱基分辨率,精确分析每一个C碱基的甲基化状态。 |
◇ 高性价比:相对于传统的PCR+Sanger测序方法,费用较低,节省时间和精力。 |
◇ 高效率:借助二代高通量测序平台对全基因组5mC信息进行高效扫描。 |
样本要求 |
DNA≥5 ug(浓度≥50 ng/uL),新鲜组织≥20 mg,全血(提取基因组DNA)≥1 mL,干血片≥10片(1 cm2面积),唾液≥3 mL,口腔拭子≥2根,新鲜培养细胞≥5×106个、FFPE(石蜡切片)≥10片(1 cm2面积,5-10 μm) |
测序策略 |
Illumina PE150,数据量:100 G raw data |
测序深度 |
≥30 X |
服务周期 |
30个工作日 |
案例一 延迟复制区域的低甲基化现象和有丝分裂的关系
发表杂志:Nature Genetics IF:27.125 发表年份:2018
本研究通过研究开发了一种简单直接的计算方法来测定细胞的年龄,这项创造性性研究或能帮助研究人员针对癌症和其它人类疾病开发出更加有效简单的筛查和监测方法。研究发现,单独存在的WCGW motif更容易发生部分甲基化(Partially Methylated Domains,PMD)。PMD在健康组织中也广泛存在,PMD的低甲基化程度和年龄相关,和细胞分裂次数相关。在癌组织中,PMD的低甲基化程度和体细胞突变的密度、细胞周期相关基因的表达、有丝分裂的次数相关,因此可以作为细胞分裂分子钟。PMD可以作为癌症发生和细胞衰老的分子标记。
图1 Solo-WCGW CpGs容易发生低甲基化反应
参考文献
Zhou W, Dinh H Q, Ramjan Z, et al. DNA methylation loss in late-replicating domains is linked to mitotic cell division[J]. Nature genetics, 2018, 50(4): 591.