高通量测序服务-全基因组从头测序和全基因组重测序

世和基因--高通量测序服务专家       

   2016年，世和基因引进HiSeq X “超级” 测序平台，致力于成为全球领先的基因组学研究解决方案提供者，专注于动植物生命科学，临床转化医学，人类健康，及药物研发等领域的开发应用。现在公司高通量测序平台包括 10 台 HiSeq X、HiSeq 4000、MiSeq、NextSeq 500等平台，可满足临床诊疗业务及科研业务不同需求，是基因组学的首选合作伙伴。HiSeq X Ten是Illumina公司推出的最高通量，最高效率，最低成本的测序系统，首次实现了将人类基因组重测序成本降低到了1000美金以下。HiSeq X Ten由10台超高通量测序仪HiSeq X组成，系统单台仪器每次运行可产出高达1.8Tb的数据，测序读长为2×150b，运行时间为三天以内。10台仪器同时运行时，每年可完成可超过18000个人类基因组重测序（30×覆盖度）。因此，HiSeq X Ten系统将使研究人员更易于开展大规模人类基因组测序，并将有利于深入挖掘与癌症及复杂疾病相关的遗传变异。

   基因组测序分为从头测序（de novo 测序）和全基因组重测序 （Whole genome re-sequencing）。

   从头测序即de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。利用新一代高通量Hiseq X - Ten测序技术，可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。

   全基因组重测序 （Whole genome re-sequencing）是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。全基因组重测序通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异位点（SV，Structure Variation）位点和拷贝数变异位点（CNV，copy number variation)。全基因组重测序可以广泛应用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化，育种品种的研究并提供科学依据。

 

主要的服务种类：

1）人类基因组重测序

2）动植物基因组测序（de novo）及重测序

3）细菌基因组测序（de novo）及重测序

4）真菌基因组测序（de novo）及重测序

 

服务相关-样品要求

样品类型	DNA样本
样品量	≥ 3ug DNA
样品质量	OD260/280值在1.8～2.0 之间；浓度≥50 ng/μL。
样品保存	溶于TE或者双蒸水，样品必须注明溶剂成分.
样品运输	样品置于1.5 mL管中，封口膜封好，低温寄送或干冰邮寄。

 

生物信息学分析内容

 

全基因组从头测序（de novo）

1. 基因组拼接组装统计：原始数据统计、测序覆盖度统计Contig N50大小、基因组GC含量等信息
2. 基因组注释：基因预测、功能基因注释（与Nt、Nr、Swiss-Prot、Interpro等数据进行同源比对）、重复序列分析及Non-coding RNA注释等
3. 基因功能分析：包括GO富集分析、KEGG通路分析等
4. 比较基因组学及进化分析：通过比较相近物种的基因组数据，从基因功能、基因组骨架结构、分子进化等方面对目标物种基因组进行深入分析）

 

全基因组重测序 （Whole genome re-sequencing）

1. 数据质量评估与过滤
2. 与参考基因组比对结果数据统计
3. SNV与indel识别与注释
4. SV结构变异分析
5. CNV分析

公司简介：

    世和基因是癌症个体化医疗诊断及高通量测序行业的先行者与领航者，2008年末一批在生物医药领域有突出贡献的北美华人科学家开始致力于高通量全景癌症基因测序的研究。世和基因生物技术团队由多名多伦多大学，哈佛大学，斯坦福大学，新加坡国立大学，北京大学及NIH博士和专家组成，专注于高通量测序、癌症生物学、生物信息学领域并拥有丰富的分子遗传研究及临床转化经验。 世和基因依托雄厚的技术实力与世界顶级综合性医院、大学、研究所携手生命科学领域研究，共同推进基础研究向临床成果转化。同时，世和基因科研团队在科研立项、投稿、沟通、修改上处于国际领先水平，至今已发表高影响因子文献（20分以上）近10篇，并拥有数项核心专利。 

世和优势：

1. 严格的质量把控

世和基因的测序流程在符合国际标准的临床实验室开展，执行最严格的质量监控，完善的实验流程管理，智能化LIMS报告系统。

2. 高稳定的数据输出

使用illumina原厂进口测序试剂，配备了高通量测序所需的全套分子生物学设备。世和基因在碱基准确度、测序均一性、可用数据比例等方面的质量标准均全球遥遥领先。我们不仅承诺lane/flow cell/run 的总数据量，还承诺测序数据的Q30。

 3. 多样化的测序平台

世和基因拥有HiSeq X， HiSeq 4000, MiSeq, NextSeq 500等测序仪，多种测序平台保证了项目的快速进行及灵活性。

4. 强大的技术支持与生物信息分析团队

丰富的基因组项目及处理不同样品的经验，技术支持由国际名校的博士团队承担，强大的生物信息团队可针对不同项目进行深入分析与数据挖掘，保证提供最优最新最全的解决方案。

5. 价格优势及短周期

世和基因致力于不断降低顾客的测序成本，缩短测序周期。我们承诺提供优于同行的测序价格和测序周期。

 

世和基因中国总部

南京世和基因生物技术有限公司

南京高新技术产业开发区新锦湖路3号-1

中丹生态生命科学产业园02栋18楼

邮编：210061

电话： 400-636-2325

信息咨询： info@geneseeq.com

业务咨询： tony.wang@geneseeq.com

合作咨询： partnership@geneseeq.com

    世和基因是癌症个体化医疗诊断的先行者，由一批在生物医药领域有突出贡献的北美华人科学家于2010年创建。世和基因北美总部坐落在加拿大多伦多，中国总部落户于南京，此外世和在美国斯坦福大学设有生物信息学分部。

    我们的信心来自于在各自领域中的多年经验和身体力行。世和基因的核心团队拥有多名专攻癌症的癌症生物学博士和生物信息学博士，以及具有丰富企业管理及资本市场经验的高级管理人员，成员均来自北美和中国著名高校，如斯坦福大学、多伦多大学、哥伦比亚大学和北京大学等。世和的科学顾问团队由多位国际顶级肿瘤专家组成，包括来自哈佛大学、麻省理工学院、多伦多大学和中国科学院的专家学者。世和已与国内外多所著名医院以合作方式进行临床诊断以及开展转化医学研究。

    我们的信心来自于在各自领域中的多年经验和身体力行。世和基因的核心团队拥有多名专攻癌症的癌症生物学博士和生物信息学博士及具有丰富企业管理及资本市场经验的高级管理人员，成员均来自北美和中国著名高校，如斯坦福大学、多伦多大学、哥伦比亚大学和北京大学等。世和的科学顾问团队由多位国际顶级肿瘤专家组成，包括来自哈佛大学、麻省理工学院、多伦多大学和中国科学院的专家学者。世和已与国内外多所著名医院以合作方式进行临床诊断以及开展转化医学研究。

    世和核心技术流程研发在北美进行，与多伦多大学（UniversityofToronto)及多家国际知名医院合作，如多伦多综合医院(TorontoGeneralHospital)、多伦多玛丽公主肿瘤医院(PrincessMargaretHospital)等等。世和基因北美总部已入驻加拿大MaRS高新企业孵化园。MaRS孵化园坐落在加拿大多伦多市中心，毗邻全加顶尖的教学医院和三所重点大学。MaRS融合当代和现代的建筑风格，拥有超过六万五千平方米的空间，设有实验室设施、写字间和会议场所。MaRS的理念是成为科学、技术以及年轻企业家的交汇点；在这里各行各业的人迸发出创意的火花。它的创新性在全球赢得赞誉，是生物企业孵化扶持成功的典范。

    世和北美总部实验室位于加拿大多伦多大学下属的班廷贝斯特学院(Banting&BestInstitute)，地处市中心黄金地段。班廷贝斯特学院历史悠久，以因发现胰岛素而获得1923年诺贝尔医学奖的加拿大科学家弗雷德里克•班廷和查尔斯•贝斯特命名。近年，古老的班廷学院被重新整修，成了培植青年企业家创业的沃土。世和人铭记前辈科学家的优秀品质和钻研精神，以严谨的科学态度完成我们对病人的承诺。

    世和美国分部位于世界高科技产业的中心——美国“硅谷”,依托世界顶级科研人才群集的斯坦福大学(StanfordUniversity)。世和生物信息平台研发实验室与世界顶级的斯坦福大学医学院合作，完全自主开发核心技术，做到全自动化分析巨量测序数据并生成报告，已申报多项专利保护。