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差异蛋白质的定量研究是基于肽段水平而非完整的蛋白质，成为该技术最大的技术特色，该技术实现了样品分离与鉴定直接联合
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蛋白组学定量分析服务
“鸟枪法(shotgun)”定量蛋白质组学技术
复杂的蛋白样品首先经过酶解形成肽段，再经过广泛分级，由自动化的串联质谱鉴定。这种方法可以分析全细胞裂解样品和组织抽提物，也可以分析亚细胞分级组分、分离的细胞器等其他亚蛋白质组。如果样品已经过稳定同位素标记。根据不同标记的信号强度比例就可以精确确定化学上具有均一性的蛋白在不同样品中的相对丰度，这种多重分析可以利用在谱图上产生前后次序的质量标记得以完成。质谱分析以前在样品中加入同位素标记的某种质量校准肽，通过对此肽的相对定量就可以获得绝对定量的信息。实现目的肽段的绝对定量，而这一性质可以被充分应用以提供临床诊断的标准值或阈值。
差异蛋白质的定量研究是基于肽段水平而非完整的蛋白质，成为该技术最大的技术特色，该技术实现了样品分离与鉴定直接联合，完全自动化操作，可以用于各种蛋白质混合物的蛋白质组学分析，如血清、组织、各种体液以及尿液等。
、项目实验方案
针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物样品推出的质谱鉴定新方法。该方法利用最新的LC-MS/MS质谱仪可在线同时鉴定成百上千中蛋白质。
三、项目分析方案
1、差异基因筛选
我们利用统计学方法筛选差异表达的蛋白。一般认为高丰度蛋白鉴定出多个肽段，低丰度蛋白鉴定出较少肽段，因此检定出来的肽段数可以直接反映蛋白的表达量。我们认为经过检验校正的p-value: p<0.01的基因为差异表达基因。
2、Gene ontology分析
GO数据库包含了基因参与的生物过程，所处的细胞位置，发挥的分子功能三方面功能信息，并将概念粗细不同的功能概念组织成DAG（有向无环图）的结构。Gene Ontology是一个使用有控制的词汇表和严格定义的概念关系，以有向无环图的形式统一表示各物种的基因功能分类体系，从而较全面地概括了基因的功能信息，纠正了传统功能分类体系中常见的维度混淆问题。在基因表达谱分析中，GO常用于提供基因功能分类标签和基因功能研究的背景知识。利用GO的知识体系和结构特点，旨在发掘与基因差异表达现象关联的单个特征基因功能类或多个特征功能类的组合。
对于每一种表达趋势的基因，选择性的进gene ontology功能分析。对差异表达的所有基因向gene ontology数据库的各节点映射。计算每个节点的基因数目，并结合整个数据库的基因作为背景分部，对于每个节点，得到一个2x2的表格，使用超几何分布检验基因在每个GO节点的富集或贫乏程度。
3、network分析
差异蛋白/基因之间相互网络构建。
4、Pathway enrichment分析
找出差异表达基因在生物学通路中的位置，以阐明其生物学功能以及不同基因之间的相互作用。
1）、把差异表达基因定位在生物学通路（Pathway）上。
2）、统计分析，确定差异基因可否可以代表某些生物学通路
5、转录因子预测分析
利用相关的转录因子（TF）数据库，将差异基因的启动子(基因第一个外显子上游1000bp)提取出来。我们使用HsPD 提供的启动子序列。转录因子数据库使用TRANSFAC 7.0 public。转录因子结合位点预测使用pwmatch 程序，对每个转录因子分析其在上调基因和下调基因的分布情况，利用chi-square test 寻找有差异的转录因子。
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