Visium HD 高分辨率空间转录组

10X Genomics 公司的 Visium HD 是一种高分辨率的空间转录组技术，空间分辨率可以达到2微米。
目前，这项技术可以检测人和小鼠的全转录组。
并且，这项技术既可检测新鲜样本，也可以检测FFPE石蜡切片样本。


一、实验原理



一张芯片上有两个样本位。
每个样本位，都是 6.5 * 6.5 mm 的放样本的面积。一个样本位是分成约 1100万个边长为 2 微米的小格子。
每个小格子上，都带有特定空间标签序列的DNA标签链。





探针对的设计：每一对探针，都针对一个mRNA上相邻的两个位置。
如果样本中有这个探针对的目标mRNA，那么这个探针对就会杂交到目标mRNA的相邻位置上。
接下来，会在依赖RNA模板的DNA连接酶的作用下，把相邻的两个探针连接成一条DNA链。
这里，用连接反应，来替代了逆转录反应。连接反应只需要有一小段目标mRNA的片段，就能作为模板，完成连接反应。这就绕开了石蜡样本中，mRNA降解成小片段的问题。






在连接反应完成之后，mRNA被用酶消化掉，对样本进行透化。
连接好的探针链，就会从样本中渗透出来。
当渗透出来的探针链遇到芯片上的标签链，探针链上的poly(A)就会和标签链上的poly(dT)互补杂交。
接下来，聚合酶会把探针链进行延长，并在探针链上加上标签链的序列。





加上了空间标签序列的探针链，被从芯片上洗脱下来，然后，经过PCR扩增，变成高通量测序文库。




文库上机测序，然后进行生物信息学分析。


二、检测结果展示

这是 10X Genomics 公司展示的部分样本的检测结果图。


三、现成 panel



目前，有人和小鼠两款接近于全基因组mRNA的检测panel可用。
探针panel的设计，对每一个目标mRNA，设计三对左右的杂交探针对。这样设计，可以提高对目标mRNA的检出率。
针对人的panel，设计的探针覆盖18000个基因，因为人类一共是2万个基因，所以这个针对人类的panel接近于可以检测到全部的人类基因mRNA。
针对小鼠的panel，覆盖19000个基因，这就可以检测到绝大多数的小鼠基因的mRNA。
 

上海逆耳生物科技有限公司专注单细胞领域和生物空间组学领域的前沿技术服务，依托样本制备、单细胞处理、高通量测序、生物芯片检测和生物信息等技术平台，为客户提供融科技服务、项目转化、产品研发于一体的整体解决方案。