单细胞全基因组甲基化测序

近年来，在肿瘤早筛和发育生物学研究领域，科学工作者对于 DNA 甲基化研究的关注度持续高涨。目前 DNA 甲基化的研究，大多数情况下依然是借助于亚硫酸氢盐修饰，而该过程会引起 DNA 的大量损失。所以需要对该过程加以优化以满足 DNA 甲基化超微量研究的需求。伯豪生物通过大量的实验测试，优化了该过程， 现在已经具备为客户提供单细胞甲基化研究服务的能力。 结合单细胞的 RNA 测序（Smart-seq），可以从多个维度深入了解生物体发育和分化过程中基因表达的动态变化。

DNA 起始量要求低：超微量检测，仅需个位数的细胞量；

生信分析：获取信息量大、可精细化分析；

数据质量：mapping ratio，冗余度等接近正常 WGBS 数据。

• 物种：人，大小鼠，其他物种需评估；
• 类型：细胞系、原代细胞、新鲜组织、冻存细胞；
• 数据量：PE 150bp, 15G；
• 保存运输：单细胞样本 0.2ml 低吸附管收集，液氮保存，干冰寄送（或联系当地销售寄送保护液）。

• 肿瘤异质性：揭示癌细胞的甲基化图谱；
• 细胞分化：绘制细胞分化调控表观图谱；
• 免疫微环境：免疫细胞激化、分化等过程的表观调控机制；
• 神经科学：神经细胞亚型分类、探究神经相关疾病的分子机制。

▲所有基因不同功能区域的甲基化程度走势分析

▲DNA 甲基化与 mRNA 表达的联合分析

▲圈图展示差异甲基化位点在不同染色体上的分布

题目：人原始生殖细胞的转录组和 DNA 甲基化谱

发表杂志：Cell

影响因子：31.398

发表单位：北京大学第三医院

文章摘要：生殖细胞对于将遗传信息从一代传递到下一代以及维持物种的延续至关重要。在这里，作者在单细胞和单碱基分辨率下分析了人类原始生殖细胞（PGCs）从迁移阶段到性腺阶段的转录组。人 PGC 显示独特的转录模式，涉及多能性基因和种系特异性基因的同时表达，其中一部分显示发育阶段特异性特征。此外，还同时分析了人类 PGCs 的 DNA 甲基化组，并发现其基因组的整体去甲基化。妊娠后大约 10 至 11 周，PGC 几乎没有任何 DNA 甲基化发生，男性和女性 PGC 中平均甲基化水平仅分别为 7.8% 和 6.0%。该工作为破译生殖系复杂的表观遗传重编程奠定了基础，旨在揭示受精卵母细胞的全能性。

▲人类 PGCs 显示出整体的低甲基化模式

▲PGC 的甲基化程度有明显的降低，同时 gene body 区的甲基化程度会轻微高于两侧的基因区间。

▲不同功能区域在不同时期的甲基化程度变化很大

原文出处：Guo F, Yan L, Guo H, et al. The transcriptome and DNA methylome landscapes of human primordial germ cells[J]. Cell, 2015, 161(6): 1437-1452.

伯豪生物客户项目发文

上海伯豪生物技术有限公司（简称：伯豪生物，英文名：Shanghai Biotechnology Corporation）2008 年 12 月成立，是生物芯片国家工程研究中心的有机组成部分，专注于提供专业的生物医药和疾病诊断创新技术、产品和优质服务。

伯豪生物自成立以来获得了国家基因检测技术应用示范中心、国家工信部专精特新“小巨人”企业、院士专家工作站、高新技术企业、上海市研发公共服务平台（负责“上海市高通量疾病标志物服务平台”和“上海市基因芯片专业服务平台”的运营）、上海市服务外包公共平台、上海科技小巨人企业、浦东新区企业研发机构、联合实验室建设等一系列资质，拥有医疗机构执业许可证、医疗器械经营许可证。

伯豪生物于 2016 年入选国家发展和改革委员会首批基因检测技术应用示范中心，与复旦大学附属肿瘤医院、上海市胸科医院、上海市儿童医院、上海生物信息技术研究中心等单位共同承担运行“高发肿瘤及遗传性疾病基因检测示范中心”。

伯豪生物建立了规范化的质量控制体系，通过了 ISO9001:2015 质量技术体系的认证，并参照 GLP- L 的标准，通过 156 个 SOP 文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。

伯豪生物累计技术服务 10 余年，承接项目数超 10000 个，用户单位 3000 家以上，累计处理样品超过 30 万份，协助客户发表论文 2000 余篇，总影响因子（IF）超 10000 分，平均影响因子（IF）大于 5 分。全面推动中国基因组学服务产业发展。可靠的质量已经得到了国内及国际科研领域的认可！伯豪生物秉承着“服务科技创新，护航人类健康！”的使命，为每一位伯豪生物客户提供专注、专业、高效的科研技术服务。

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