EMSA和DNase I Footprinting服务

凝胶迁移或电泳迁移率实验是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。这一技术最初用于研究DNA结合蛋白，目前也用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。

原理：蛋白质可以与末端标记的核酸探针结合，电泳时这种复合物比无蛋白结合的探针在凝胶中泳动的速度慢，即表现为相对滞后。该方法可用于检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白，并可通过加入特异性的抗体（supershift）来检测特定的蛋白质，并可进行未知蛋白的鉴定。

目前，公司提供探针的标记方法包括：荧光标记（DNA）或者Biotin标记（RNA）的方法。欢迎来电来信咨询。

方法原理：

先将待测双链DNA片段中一条单链的一端选择性地进行末端标记,然后加入恰当浓度的DNaseⅠ,使在DNA链上随机形成缺口,经变性后电泳分离,放射自显影,即可形成以相差一个核苷酸为梯度的DNA条带。但当DNA片段与相应的序列特异性DNA结合蛋白结合后,DNA结合蛋白可保护相应的DNA序列不受DNaseⅠ的攻击,因而在放射自显影图谱上,DNA梯度条带在相应于DNA结合蛋白的结合区域中断,从而形成一空白区域,恰似蛋白质在DNA上留下的足迹,因而被形象地称作足迹法。如果同时进行DNA化学测序,即可判断出结合区的精确顺序。

DNase I足迹试验是一种鉴别RNA聚合酶等蛋白质在DNA上结合位点的方法，它不仅能找到与特异性DNA结合的目标蛋白，而且能告知目标蛋白结合在哪些碱基部位。

DNase I足迹试验定义

蛋白质结合在DNA片段上，能保护结合部位不被DNase破坏，DNA分子经酶切作用后遗留下该片段(亦称“足迹”)，进而可以确定它的序列。在电泳凝胶的放射性自显影图片上，相应于蛋白质结合的部位没有放射性标记条带。

DNase I足迹试验是一种鉴别RNA聚合酶等蛋白质在DNA上结合位点的方法，它不仅能找到与特异性DNA结合的目标蛋白，而且能告知目标蛋白结合在哪些碱基部位。足迹试验的方法较多，常用的有DNase I足迹试验和硫酸二甲酯足迹试验(dimethylsulfate，DMS)，两者原理基本相同。

DNase I足迹试验的实验流程

DNase I足迹试验的实验流程如下：①待检双链DNA分子用P作末端标记，通常只标记一端；②蛋白质与DNA混合，等两者结合后，加入适量的DNase I，消化DNA分子，控制酶的用量，使之达到每个DNA分子只发生一次磷酸二酯键断裂，并列设置未加蛋白质的对照；③从DNA上除去蛋白质，将变性的DNA加样在测序凝胶中作电泳和放射性自显影，与对照组相比后解读出足迹部位的核苷酸序列。

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