通过分子标记可以从遗传学的角度对育种材料进行深度的分析、挖掘和了解。利用大量SNP标记对育种材料进行遗传分析后，我们会产生一份完整的分析报告，内容包括但不限于：遗传多样性分析，自交系间的对比分析，杂种优势群的划分，以及结合田间表型数据提出如何来测配这些自交系的建议等。
1）遗传多样性分析、自交系之间的对比分析
遗传多样性指材料之间遗传物质上的差异的总和，越广泛的遗传多样性，表示着材料群体中的基因资源越丰富，越有可能选出优异品种。
自交系作为育种的起始材料，拥有稳定遗传的基因信息。结合已知基因功能研究结果，材料的SNP分析结果可以显示出该材料最真实的特性表现。
利用分子标记来划分杂种优势群
2）杂种优势群的划分
在玉米育种过程中，杂种优势群是组配杂交组合进行交互轮回选择需要遵循的最重要原理之一。
利用分子标记来划分杂种优势群
图中的每一条线代表一份育种材料，红色的线代表来自杂种优势群I，黑色的线代表来自杂种优势群II，而蓝色的线是两个群体的混合体，材料之间分支越远表示遗传距离越大，组配后代的杂种优势越强。
3）自交系的测配方向预测、杂交组合的预测
准确的杂种优势群划分，将有效引导育种群体的构建和杂交品种的组配。若选育杂交种，就要从不同的杂种优势群中选择亲本，比如玉米品种先玉335的两个亲本就来自不同的杂种优势群。如果以组建育种群体、从中选育新的自交系为目的，在群内进行杂交组合配对就是最有效的模式。
以下图为例，F2群体诱导得来的双单倍体系中，只有两侧极少量材料分属于不同的育种群体，遗传差异大，这两组材料之间的组合更能选出好品种。而通过分子标记检测，我们能够更快更好的分出两个育种群体的材料。
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中玉金标记（北京）生物技术股份有限公司注册成立于2013年9月2日。注册地为北京市昌平区生命园路29号一幢一层A103，注册资金2亿元人民币。公司是在国家农业部指导下，由北大荒垦丰种业股份有限公司、中玉科企（北京）种业技术有限公司、辽宁东亚种业有限公司、河南金博士种业股份有限公司、齐齐哈尔富尔农艺有限公司、北京德农种业有限公司、河南秋乐种业科技股份有限公司、大民种业股份有限公司、北京屯玉种业有限责任公司九家较有影响力的种业企业共同持股构成。
以“为中国种业创造无限动力”为使命，中玉金标记致力于打造中国领先、世界一流的种业科技转化、创新和服务中心。我们既不是科研单位，也不是种子公司；而是介于两者之间的技术桥梁和纽带，把中国的甚至全球的先进生物技术通过我们的技术转化和聚合变成强大而有效的育种技术，为中国种业创造无限动力。
我们拥有较为雄厚的资本基础、国际一流的科学家团队以及由九家业内知名企业共同创造的产业链平台。集分子育种技术中心、种质资源创新中心、品种大田试验和评价中心、种子质量检测和监督中心、生物信息管理和服务中心等诸多行业平台一身，建立起一套成熟的、综合的、高通量的科技服务体系，成为中国种业的公共研发中心。公司具备较强的科技创新和科技服务能力，在近期内有望开发出一批具有独立知识产权的新基因、新标记、新QTL及商业化使用价值的DH系、综合性的生物信息数据库和全面的商业化服务体系。主要从事与农作物育种相关的技术开发、技术推广、技术转让、技术咨询、技术服务、和技术培训。
在管理上，中玉金标记采用现代企业管理制度,在股东大会和董事会的指导下,由高级职业经理人组成的管理团队来领导和运营公司,以多家企业联合办科研的形式，完善“产、学、研”相结合的商业模式，从而实现高效的科企联合，搭建起农业基础研究与高效商业化育种之间的桥梁，实现科学技术的有效产业化，并承担起帮助提高中国种业研发能力与产品开发核心竞争力的重大使命。
2014年公司已完成3890平方米的实验室和办公室建设工作，并自己出资5500万元已初步建立起一个我国最先进、通量最高的分子标记实验室。中玉金标记还与中国农业大学国家玉米改良中心、中国农科院作物所建立了战略合作伙伴关系，与部分国际生物技术公司也建立了长期合作关系。从这些高层次的战略合作中我们已经得到了一系列的基因芯片，可用于多种农作物的分子标记辅助育种、全基因组的基因型检测等。该实验室的建立为帮助我国的种业公司和育种单位利用基因组学的最新研究成果来有效地提高育种效率和精确性提供了基础。
技术服务内容:
分子育种技术服务中心：
大规模高通量的SNP标记分析平台
全基因组的SNP基因型分析
品种和育种材料的真实性鉴定、IP保护、种子质量检测
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QTL及基因的发掘定位
育种材料的分析、分类、评价、利用
育种群体的构建及后代选择
分子标记辅助选择（MAS）
预测杂交组合的表现
生物信息管理和服务中心：
生物农业信息数据管理系统，数据库平台建设
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分子标记功能研究及基因组学分析
Bio-IT全面解决方案，如实验室数据管理系统，云计算等
种质资源创新中心：
建立大规模高通量的DH系生产系统
在5年内建立一个能年产5-10万个DH系的生产系统
利用DH技术来建设中国第一个基础种子公司
DH系的生产、评价（包括大田和分子评价）、转让、销售
品种大田试验和评价中心：
与九家股东联合在全国建立一个大约500个试验点的测试网络
为品种的评价、定位、审定提供客观准确的大田数据
