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同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)概述
同位素标记相对和绝对定量(isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation, iTRAQ)技术的发展得益于可进行多重标记的iTRAQ试剂的开发,该试剂结构由指示基团、中性平衡基团和反应基团三部分组成。不同指示基团及其相对应平衡基团的质量和都相同,而反应基团能与赖氨酸ε氨基和所有肽链的氨基末端连接,可标记所有氨基酸。不同标记试剂与来源于不同样品胰酶消化后的肽段结合,经过色谱分离,并通过一级质谱和二级质谱。平衡基团在二级质谱时发生中性丢失,而报告基团在二级质谱低质量区域产生多个报告离子,其信号强度分别代表该标记样品的表达量,根据报告离子的峰面积计算同一蛋白质同一肽段在不同样品间的比值,从而实现蛋白的相对和绝对定量。
能够得到:一般500至600种蛋白,以及不同样品间蛋白质表达的差异。
应用:
£ 可同时标记2~8个样品,一次实验实现多达8个样品的蛋白质鉴定和定量
£ iTRAQ技术不仅可发现胞浆蛋白,还有膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白。iTRAQ技术可检测出低丰度蛋白、强碱性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白。
- 可以进行多个时间点蛋白质组动态变化的监测
- 可以分析详细分期/型的临床疾病样本,并可设计样本重复
- 甚至可以进行个体样本的研究
- 细胞周期、细胞信号传导整个过程的蛋白质组动态学
相比其他蛋白组分析:
蛋白质组分析技术 |
缺点 |
2D-PAGE |
对分子量多大或者过小(>200000或者<8000)的蛋白质、低丰度蛋白质、极碱或者疏水蛋白质性难于分离。 |
DIGE |
对分子量多大或者过小(>200000或者<8000)的蛋白质、低丰度蛋白质、极碱或者疏水蛋白质性难于分离。 |
ICAT |
功能重要的不含半胱氨酸的蛋白质会被遗失;亲和层析可能导致污染 |
技术特点和优势:
- 定量敏感、反应速度快
- 标记完全,标记效率高达97%以上
- 较高的重复性,能简化谱的复杂程度、提高离子强度
- 可对多达八种不同样本同时进行定量分析
- 定性与定量同时进行
实验大致流程:
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生物信息分析
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苏州帕诺米克生物医药科技有限公司(简称:诺米代谢)于 2013 年在苏州工业园区成立,是中国最早成立、规模最大的代谢组学公司之一,致力于打造代谢组学精准医学与营养全方案提供商,成为每个人的代谢管家。诺米代谢业务板块包括组学技术服务、临床质谱、组学临床产品与生物大数据平台,为全球客户提供更快更精准的代谢组学技术服务、临床产品及大数据服务。
诺米代谢由“国家千人”计划人才、金鸡湖科技领军人才领衔,创始及核心团队来自于哈佛大学、MD Anderson Cancer Center、UC Davis、加拿大 TMIC、北京大学、中科院等国内外知名高校科研院所,涵盖代谢组学、生物信息学、生物大数据、质谱、药学等领域的科学家团队。诺米代谢在苏州、南京、北京、南昌、成都、金华、东莞的实验室共运行 80 余台全型号进口质谱设备,覆盖代谢组学、蛋白质组学检测服务、临床研发与检验等领域。
基于自身完整的样品预处理平台、高分辨率质谱平台、海量代谢物库与核心匹配算法、临床大队列样本与组学大数据、独家知识产权“全靶”技术平台、及领先的云数据分析系统 BioDeep™ ,诺米代谢已为国内外 400 余家知名科研院所、400 余家三甲医院以及食品与制药企业提供全面、专业的代谢组学技术服务。服务项目囊括非靶向代谢组学、靶向代谢组学、全靶、脂质组学、蛋白组学、风味组学、空间及单细胞代谢组学,应用领域包括农业、环境、食品、营养、肿瘤、心血管疾病、代谢类疾病及肠道微生物相关的研究领域,覆盖 100 余项细分检测分析服务内容,为客户提供个性化的代谢组学科研及临床解决方案。
在质谱精准医学及组学临床方面,诺米代谢有多个创新产品研发管线,涵盖心血管疾病、脑卒中、肿瘤与肠道微生物方向的诊断、辅助诊断、早筛及用药指导应用。 基于自主国际领先的 MetaDiscovery™ 组学临床技术平台,诺米代谢在 2021 年启动和实施了中国 10 万人群前瞻性脑卒中大队列代谢组学研究计划,将持续转化多个临床诊断与早筛产品,着力于利用代谢组学技术降低中国脑卒中的发病率。 诺米代谢目前已获得元生创投、薄荷天使及沃生投资等行业知名基金的多轮投资,并取得科技领 军企业、CMA 认证企业、高新技术企业、江苏省民营科技企业、ISO-9001 质量管理体系认证、 GLP 实验室、第三方医学检验所等资质,知识产权 30 余项,临床注册产品 20 余项。诺米代谢 将在精准医学与精准营养领域持续发力,为健康中国 2030 做贡献。