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IP是利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“prorein A"特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活用开发出来的方法。
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甲基化PCR检测服务
甲基作为一个化学基团,能结合在DNA链上的某些特定部位,这个过程叫甲基化。相反,甲基从DNA链上脱落的过程就叫做去甲基化,DNA甲基化是与基因表达的沉默相关的一种表观遗传修饰。 Daniel Tenen等提出,活性转录直接调控DNA甲基化的水平。
天津赛尔生物提供甲基化PCR检测服务:
160-200元/反应/基因(不包括引物合成的费用)
超过10个反应,引物合成可以优惠。
客户需提供相关文献和模板.
甲基化PCR检测方法
一、基因组DNA的提取
重点在于DNA的纯度,即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者。
使用两者的细节:
1. 蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20 mg/ml;
2. RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶,即在购买市售RNA酶后进行再处理,配制成10 mg/ml。否则可能的后果是不仅没有RNA,连DNA也被消化了。两者均于-20℃保存。
3. 验证提取DNA的纯度的方法有二:
(1)紫外分光光度计计算OD比值;
(2)1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳鉴定。
二、亚硫酸氢钠修饰基因组DNA
如不特别指出,所用双蒸水(DDW)均经高压蒸汽灭菌。
1. 将约2 ug DNA于1.5 ml EP管中使用DDW稀释至50 ul;
2. 加5.5 ul 新鲜配制的3 M NaOH;
3. 42℃水浴30 min;
水浴期间配制:
4. 10 mM 对苯二酚(氢醌),加30 ul至上述水浴后混合液中;(溶液变成淡黄色)
5. 3.6 M 亚硫酸氢钠(Sigma,S9000),配制方法:1.88 g 亚硫酸氢钠使用DDW稀释,并以3 M NaOH滴定溶液至pH 5.0,最终体积为5 ml。这么大浓度的亚硫酸氢钠很难溶,但加入NaOH后会慢慢溶解,需要有耐心。pH一定要准确为5.0。加520 ul 至上述水浴后溶液中。
6. EP管外裹以铝箔纸,避光,轻柔颠倒混匀溶液。
7. 加200 ul 石蜡油,防止水分蒸发,限制氧化。
8. 50℃避光水浴16 h。
一般此步在4 pm开始做,熟练的话不到5 pm即可完成,水浴16 h正好至次日8 am以后收,时间上很合适。
注意事项:
(1)基因组DNA的量不需十分精确,宁多勿少,因为在以后纯化回收步骤中会有丢失,且此方法修饰最多可至4ug。
(2)所有试剂均须新鲜配制,所以配液的技术要过关,既要快,又要精确。
(3)亚硫酸氢钠溶液呈强酸性,一定用碱将PH调制5.0,否则PH不合适会影响后续纯化吸收。
(4)水浴最好达16小时,虽可以短至8小时,但后者修饰会有不完全。
三、修饰后DNA纯化回收
EP管如无特别说明均为高压蒸汽灭菌的。
1. 将移液器枪头伸入石蜡油层下,先轻轻加压使其中一小段石蜡油排出,然后吸取混合液至一洁净1.5ml EP管中。
2. 以下使用Promega Wizard Cleanup DNA纯化回收系统(Promega,A7280)
(1)70℃水浴预热DDW;配制80%异丙醇;
(2)加1 ml Promega’s Wizard DNA Clean-up resin,轻柔颠倒混匀,使DNA充分与树脂结合;
(3)由于该试剂盒中仅配备针筒没有针栓,如果有真空负压吸引器,使用起来很方便;如果没有,需要自备3 ml~5 ml 注射器。将注射器针筒与试剂盒提供的回收小柱紧密连接后,将上述混合物用移液器移至针筒内,用2 ml 以上的EP管放置小柱下接收废液。加针栓,轻轻加压,将液体挤出,此时可见小柱内有白色的树脂沉积。
(4)将注射器与小柱分离后拔出针栓,再将针筒与小柱连接,向针筒内加入2 ml 80%的异丙醇,插入针栓,轻轻加压,将异丙醇挤出。此为洗涤步骤。
(5)将注射器与小柱分离,将小柱置于洁净1.5 ml 洁净EP管上,离心12 000 rpm,2 min,以甩去残余异丙醇成分,使树脂干燥。此时,修饰后DNA处于与树脂结合状态。
(6)将小柱取下置于另一洁净1.5 ml EP管上,移液器加50 ul 预热好的DDW,室温放置5 min。
(7)离心12 000 rpm,20 s,此为洗脱步骤,此时EP管内液体即为洗脱的修饰后DNA溶液,终体积为50 ul。
3. 加5.5 ul 新鲜配制的3 M NaOH,室温放置15 min。
4. 加33 ul 10 M乙酸铵,以中和NaOH,使溶液pH于7.0左右。
5. 加4 ul 10 mg/ml 糖原,此作为沉淀指示剂,因为其与乙醇混合后可产生沉淀,便于以后离心后辨别回收物的位置,以防在吸取残余乙醇时将回收物吸走。其实,加入这些糖原究竟能起多大作用,不好说。不过有国产糖原卖,包装不大,也很便宜,买来一用,算严格遵守文献的步骤吧。
6. 加270 ul 冰无水乙醇,置于-20度,过夜沉淀。有人为沉淀最短可至2小时,但我认为时间长些可能会更好。并且做到此步骤时,一般会到中午,如果样本多的话要到下午,不妨放置过夜,日程可以轻松些,顺便做些其他试验。如果想当天做完,没有问题,但我认为最好多沉淀些时候,至少6小时吧。
7. 4度,12 000 rpm 离心,30 min,倒去上清液,收集沉淀。不必吸净。
8. 加500 ul 70%乙醇,不要将沉淀吹打起来,只要把乙醇加上即可。轻柔倾斜EP管,旋转一圈,再次离心,4度12 000 rpm,5 min。离心后倒掉上清,再加同量乙醇,同样再做一遍。此为洗涤步骤,共2次。
9. 倒掉上清,并常温简短离心后,将附壁乙醇离至EP管底,移液器小心将残余液体吸净,室温干燥5 min,或沉淀由不透明变为半透明或透明时,加入20 ul~30 ul DDW,溶解沉淀。至此,已完成了修饰后DNA的纯化回收,所得为修饰后DNA溶液,可用于此后的进一步实验。
10. -20℃保存DNA溶液。
注意事项:
(1)在使用注射器时,一定要用力均匀且轻,如使用暴力,会将小柱内的薄膜挤破,失去作用。
(2)乙酸铵、糖原不需新鲜配制,糖原配好后放在-20度保存,乙酸铵室温即可,因为这样浓度的乙酸铵非常难溶,一旦放在4度,取出用时也会有很多溶质析出。
(3)异丙醇、70%乙醇都不需要新鲜配制,但如果用量大,现场配也很方便。
此步关键是在树脂与DNA的结合上,这就再次强调第二部分调亚硫酸钠PH值得重要性。因为树脂与DNA结合需要有一个适当的pH,如前一步没做好,此步树脂不能与DNA很好结合,将会带来灾难性后果,即DNA随着液体被挤出了,洗脱时实际已没有任何DNA了。
天津赛尔生物相关服务:
MicroRNA siRNA干扰 课题整体外包服务 基因克隆服务 慢病毒包装服务 腺病毒服务 稳定细胞株筛选服务 蛋白表达服务 抗体制备服务 DNA与蛋白相互作用研究 噬菌体展示技术服务 cDNA文库构建 干细胞研究 基金申请,标书撰写,专利申请,课题设计等
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