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DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，我们以新一代高通量测序平台为基础，进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。
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DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据，对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。我们以新一代高通量测序平台为基础，进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析，必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义，并为细胞分化、组织发育等基础机制研究，以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。
技术路线
生物信息学分析
样品要求
1) 样品总量：≥ 3ug;
2) 样品浓度：≥ 50ng/ul。
3) 样品纯度：OD值260/280应在1.8～2.0;
4) 样品质量：基因组完整、无降解、无污染。
5) 样品包装：用封口膜密封样品，DNA低温运输（-20℃）。
应用案例
Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals Feng S，Cokus SJ et al.(2010) PNAS
背景：
1. 胞嘧啶甲基化是一种存在多种真核生物DNA中的表观遗传标记，尽管DNA甲基化多在基因沉默中有着保守的作用，但DNA甲基化的水平和模式在不同生物体中存在极大的差异。
2. 利用全基因组鸟枪法重亚硫酸测序（WGBS-Seq）,对雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑马鱼、绿衣藻、粳稻、拟南芥、杨树8个物种比较，利用得到的数据分析结果可以帮助研究者选择合适的模式生物进行研究，还可以证明WGBS-Seq的多功能性。
研究方法：
1.从雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑马鱼、绿衣藻、水稻、拟南芥、杨树8个物种的组织提取DNA。
2.WGBS-Seq测序文库构建。
3.Illumina GA 测序，分别得到118.4Mb-2.72Gb序列数据。
4.生物信息学分析。
结果分析:
1. 开花植物甲基化模式很类似，均检测到甲基化的胞嘧啶。而动物中基本都是CG甲基化。除CpG岛外，脊椎动物整个基因组都存在甲基化，且大多数生物基因组甲基化都很保守倾向于外显子，海鞘和蜜蜂中基因是主要的甲基化靶点，绿衣藻有特别的甲基化模式，非CG甲基化主要集中在基因的外显子而不是重复序列和转座子中。
2. Dnmt1(Mouse, Zebrafish)/ MET1 (Arabidopsis)的辅助因子Uhrf1(Mouse, Zebrafish)/VIM(Arabidopsis)有着保守的功能，维持小鼠、拟南芥和斑马鱼基因组中转座子和基因的CG甲基化。
参考文献
[1] Xiang H, Zhu J, Chen Q, et al. Single base-resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nat Biotechnol 2010;28:516-20.
[2] Lister R, Pelizzola M, Dowen RH, et al. Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomicdifferences.Nature, 2009, 462:315-322.
[3] Feng S, Cokus SJ, Zhang X, et al.Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals.ProcNatlAcad Sci., 2010, 107:8689–8694.
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